دانشگاه بوعلی سینادوفصلنامه فن آوری زیستی در کشاورزی(علمی-پژوهشی)2476-63135220140923Identification and Study of Genetic Diversity of Botrytis cinerea Isolates Caused Strawberry Grey Mold in Kurdistan Provinceشناسایی و بررسی تنوع ژنتیکی جدایههای Botrytis cinerea عامل کپک خاکستری توتفرنگی در استان کردستان1101084FAساقییونسی بانهدانشآموخته بیماریشناسی گیاهی، گروه گیاهپزشکی دانشکده کشاورزی، دانشگاه بوعلیسینا، همدانمحمد جوادسلیمانی. دانشیار، گروه گیاهپزشکی دانشکده کشاورزی، دانشگاه بوعلیسینا، همداندوستمرادظفری. دانشیار، گروه گیاهپزشکی دانشکده کشاورزی، دانشگاه بوعلیسینا، همدان0000-0002-2108-8115بهمنبهرام نژاددانشیار، گروه زراعت و اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی، دانشگاه کردستان، سنندجJournal Article20130605Total of nineteen isolates of <em>Botrytis </em>sp<em>. </em>were collected from infected strawberry plants of hydroponic cultivated greenhouse and fields surround kurdistan province. According to the morphological characteristics, isolates were identified as <em>Botryits cinerea </em>species. For confirming the species identification by molecular method specific primers C729 were used and PCR test repeated twice. The results showed that these isolates amplified the 700 bp band which is specific for this species. Genetic diversity of existing isolates was investigated by RAPD analysis. According to the results obtained, isolates were clustered into four groups. Considering this clustering mode, in first glance, most of the greenhouse isolates were grouped together and separated from the group of field isolates, but some of them didn’t follow the pattern and were divided differently. Likewise, study among field isolates collected surround the province and their relationships, showed that there is no correlation between molecular clustering and geographical origin of these isolatesو but also it was clear that some of the geographically further isolates were more similar to each other rather than isolates from closer geographical regions. <br /> تعداد 19 جدایهبوتریتیس از توتفرنگیهای دارای علائم بیماری کپک خاکستری از مزارع و گلخانه کشت هیدروپونیک توتفرنگی از استان کردستان جمعآوری شدند. جدایهها براساس خصوصیات مورفولوژیکی بهعنوان گونه <em> Botrytis cinerea </em>Pers.: Fr., تشخیص داده شدند. بهمنظور تأیید و شناسایی بیشتر گونه موردنظر به روش مولکولی از آغازگرهای اختصاصی C729 استفاده شد. جدایههای مورد بررسی با انجام PCR با آغازگر اختصاصی و تکرار آزمایش باند 700 جفتبازی مختص گونه را تکثیر کردند. تنوع ژنتیکی جدایههای موجود با استفاده از نشانگرهای مولکولی RAPD مورد بررسی قرار گرفت. براساس نتایج بهدست آمده از مطالعه تنوع ژنتیکی، جدایهها در چهار گروه اصلی قرار گرفتند. با توجه به نحوهی گروهبندی جدایهها، در نگاه اول مشاهده شد که گروه جدایههای گلخانه از گروه جدایههای مزارع مختلف تفکیک شدند اما برخی جدایهها از این الگو پیروی نکرده و متفاوت بودند. همچنین در بررسی جدایههای مزارع حومه استان و ارتباط آنها با یکدیگر، ارتباط مشخصی بین نزدیکی جدایهها از لحاظ جغرافیایی و خصوصیات ژنتیکی و الگوی RAPD آنها با هم وجود نداشت بلکه بعضاً مشاهده شد که برخی جدایههای دور از هم از لحاظ جغرافیایی شباهت بیشتری به همدیگر، نسبت به جدایههای جمعآوری شده از مزارع نزدیک به هم داشتند. <br /> https://ab.basu.ac.ir/article_1084_0a53c36ddbc9139e0f643546fcf1f3a4.pdfدانشگاه بوعلی سینادوفصلنامه فن آوری زیستی در کشاورزی(علمی-پژوهشی)2476-63135220150525Identification of Oil Degrading Bacteria from Poldokhtar Polluted Areas and Investigation of Factors Affecting Their Degradation Performanceشناسایی باکتریهای تجزیهکننده نفت از مناطق آلوده پلدختر و بررسی فاکتورهای مؤثر بر کارآیی تجزیه در آنها11191085FAسومانریمانیدانشجوی کارشناسیارشد بیماریشناسی گیاهی، دانشکده کشاورزی دانشگاه لرستان، لرستانعیدییازگیراستادیار گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی دانشگاه لرستان، لرستانحسینمیرزایی نجف قلیمربی گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی دانشگاه لرستان، لرستانJournal Article20141027Pollution of natural ecosystems by petroleum compounds have been more considered because of their high persistence in environment and adverse impacts on human health. Nowadays, a wide range of physical, chemical, thermal and bioremediation methods are employed in order to remediate contaminated sites. Bioremediation technology is based on use the natural or engineered microorganisms for reclamation of contaminated sites and environmental conservation. The current study was carried out in order to isolate and characterize the oil degrading native bacteria from Tange Fani Poldokhtar region, Lorestan province, Iran. Soil and water of contaminated sites were sampled and after transfer to the laboratory, samples were cultivated on the nutrient agar, nutrient broth and 2xYP media. After purification, bacterial strains were identified on the basis of phenotypic-biochemical traits and sequence of 16S rDNA gene as <em>Pseudomonas aeruginosa, </em><em>Acinetobacter junii</em>, <em>Acinetobacter baumannii</em>, <em>Delftia tsuruhatensis</em>, <em>Sphingobacterium multivorum, Stenotrophomonas acidaminiphila </em>and<em> Comamonas koreensis</em>. Furthermore, the bacterial strains were evaluated regarding biofilm formation, siderophore production and swarming motion, which the highest amount of biofilm formation and swarming motion was belonged to <em>P.</em> <em>aeruginosa</em>. In this study, bacterium <em>Comamonas koreensis</em> for the first time as oil degrading introduced. آلودگی اکوسیستمهای طبیعی توسط آلایندههای نفتی بهدلیل پایداری بالا و اثرات زیانبار بر محیطزیست و سلامت انسانها بیشتر مورد توجه قرار گرفته است. امروزه از روشهای متعدد فیزیکی، شیمیایی، حرارتی و زیست پالایی بهمنظور اصلاح محیطهای آلوده استفاده میشود. فناوری زیست پالایی بر پایهی استفاده از ریزجانداران طبیعی و یا تراریخت بهمنظور احیای مجدد مکانهای آلوده و حفاظت از محیطزیست استوار است. در این پژوهش نمونهبرداری از خاک و آب آلوده منطقه تنگفنی پلدختر بهمنظور جداسازی و شناسایی باکتریهای بومی تجزیهکننده ترکیبات نفتی صورت گرفت. نمونهها پس از انتقال به آزمایشگاه روی محیطکشتهای نوترینت آگار، نوترینت براث و 2xYT کشت گردیدند. بعد از خالصسازی، جدایههای باکتریایی براساس خصوصیات فنوتیپی - بیوشیمیایی و توالییابی بخشی از ناحیه ژن 16SrDNA بهعنوان گونههای <em>Pseudomonas aeruginosa</em><em>،</em> <em>Acinetobacter junii</em>، <em>Acinetobacter baumannii</em>،<em>Delftia tsuruhatensis</em>،<em>Sphingobacterium multivorum</em><em>، </em><em>Stenotrophomonas acidaminiphila</em><em>، </em><em>Comamonas koreensis</em> شناسایی شدند. همچنین جدایههای باکتریایی از نظر فاکتورهای تشکیل بیوفیلم، تولید سیدروفور و حرکت اسوارمینگ مورد بررسی قرار گرفتند، که بیشترین میزان تشکیل بیوفیلم و حرکت اسوارمینگ مربوط به گونه <em>Pseudomonas aeruginosa</em>بود. در این تحقیق برای نخستین بار باکتری<em>Comamonas koreensis</em> بهعنوان تجزیهکننده نفت معرفی گردید. <br /> https://ab.basu.ac.ir/article_1085_f044a63a2a55cefb597bc2eb67c70366.pdfدانشگاه بوعلی سینادوفصلنامه فن آوری زیستی در کشاورزی(علمی-پژوهشی)2476-63135220150525Identification of Quantitative Genes of Protein Content and Gelatinization Temperature in Recombinant Inbreed Lines of Cross of Anbarbu×Sepidroudتشخیص ژنهای کمی محتوای پروتئین و دمای ژلاتینی شدن دانه برنج در جمعیت رگههای نوترکیب عنبربو × سپیدرود21281087FAحسینصبوریدانشیار گروه تولیدات گیاهی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه گنبد کاووس، گلستاناحمد رضادادرسدانشجوی دکتری اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی دانشگاه گیلان، رشتعاطفهصبوریاستادیار گروه زراعت و اصلاح نباتات، دانشکده علوم کشاورزی دانشگاه گیلان، رشتمهنازکاتوزیکارشناس ارشد زراعت و دانشجوی کارشناسی ارشد اصلاح نباتات داشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان، گرگانJournal Article20130404Identification of controlling genomic loci of complex traits with providing of useful genetic information, as introduction of breeding programs of marker assisted selection are a practical approach in breeding of complex traits. In the present study, 96 recombinant inbred lines were used as mapping population to identify controlling QTLs of two important traits related to grain quality including of gelatinization temperature and protein content. Linkage map was constructed with 438 markers including 314 AFLP and 124 SSR. The results of composite interval mapping totally five QTLs detected for two traits. Between two identified QTLs for gelatinization temperature, <em>qGT-6 </em>was detected in vicinity of <em>wx </em>gene on the chromosome 6. Considering of Anbarbu allele’s role in both of QTLs in enhancing of gelatinization temperature, these QTLs can be very efficient in improving this trait. As well as for protein grain three QTLs was identified that considering of positive additive effect of <em>qPR-1b</em> and explain of more than 13 percent of phenotype variation it can be considered in marker assisted selection شناسایی مکانهای ژنومی کنترلکننده صفات پیچیده، با در اختیار قرار دادن اطلاعات ژنتیکی مفید، امروزه بهعنوان مقدمه برنامههای اصلاحی انتخاب به کمک نشانگر یک راهکار کاربردی در اصلاح صفات پیچیده محسوب میگردد. در پژوهش حاضر از 96 لاین اینبرد نوترکیب حاصل از تلاقی ارقام عنبربو در سپیدرود بهعنوان یک جمعیت مکانیابی برای شناسایی QTLهای کنترلکننده دو صفت مهم مرتبط با کیفیت دانه شامل دمای ژلاتینیشدن و میزان پروتئین استفاده شد. نقشه پیوستگی با 387 نشانگر تشکیل شد که شامل 263 نشانگر AFLP و 124 نشانگر SSR بود. نتایج حاصل از تجزیه مکانیابی فاصلهای مرکب در کل پنج QTL برای دو صفت شناسایی نمود. در بین دو QTL شناسایی شده برای دمای ژلاتینیشدن، <em>qGT-6</em>در مجاورت ژن <em>wx</em>در کروموزوم 6 ردیابی شد. با توجه به نقش آللهای والد عنبربو در هر دو QTL در بالابردن دمای ژلاتینیشدن، این QTLها میتوانند در بهبود این صفت بسیار کارآ باشند. برای پروتئین دانه نیز سه QTL شناسایی شد که با در نظر گرفتن اثر افزایشی مثبت <em>qPR-1b</em>و بیش از 13 درصد توجیه تغییرات فنوتیپی آن میتواند پس از اشباع نقشه در آن ناحیه ژنومی و در صورت تأیید نتایج، در برنامه انتخاب به کمک نشانگر در نظر گرفته شود.https://ab.basu.ac.ir/article_1087_95c07a67025b653ab058a31e9bcce226.pdfدانشگاه بوعلی سینادوفصلنامه فن آوری زیستی در کشاورزی(علمی-پژوهشی)2476-63135220150525Detection of Trichothecene Chemotypes of Fusarium graminearum Isolates in Wheats of Sistan va Baluchestan Provinceردیابی تیپهای شیمیایی تریکوتسین در جدایههای قارچ Fusarium graminearum در گندمهای استان سیستان و بلوچستان29351088FAپیاممحمودیدانشجوی کارشناسیارشد بیماریشناسی گیاهی، گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی دانشگاه زابل، زابلسید کاظمصباغاستادیار گروه گیاهپزشکی و پژوهشکده زیستفناوری کشاورزی، دانشگاه زابل، زابلمهتامظاهریاستادیار ژنتیک مولکولی، دانشکده پزشکی دانشگاه علوم پزشکی زابل، زابلJournal Article20130531<em>Fusarium graminearum</em> is one of the most important causes of wheat scab in different part of the world. This fungus is able to produce widespread Trichothecene mycotoxin such as Nivalenol and Deoxynivalenol which are harmful for both human and animals. The wheat ear samples were collected from wheat fields in Sistan and Baluchestan province. Sampling was performed during 2011-2012. The fungal isolates were separated, purified , then identified using various keys for <em>Fusarium </em>spp. and 293 isolates of <em>Fusarium</em> species belonging to eight species were isolated and identified. Among the identified isolates, <em>F. graminearum</em> showed the highest frequency (68.8%) compared to other species.When the isolates of <em>F. graminearum</em> were morphologically identified, 168 isolates were chosen using species-specific primer pairs (Fg16F/Fg16R). In these isolates, the presence of three genes: <em>Tri13</em>, <em>Tri5</em> and <em>Tri7</em> were detected by using PCR and specific primers for the genes. The two NIV and DON chemotype was detected among isolates of <em>F. graminearum</em>using specific primers. The results of PCR reaction with specific primers showed that all tested isolates possess the genes involved in production of trichothecene. Therefore, the detection of genes involved in trichothecene production using species-specific primers to determine <em>Fusarium</em> isolates producer trichothecene could alternative the chemical expensive and time procedure. قارچ <em>Fusarium</em><em>graminearum</em>عامل مهم بیماری فوزاریوز سنبله گندم در سرتاسر جهان است. این قارچ مجموعهای از تریکوتسینها از قبیل دیاکسی نیوالنول (DON)، نیوالنول (NIV)، را تولید میکند که برای سلامتی انسان و حیوان مضر هستند. بهمنظور ردیابی ژنهای مؤثر در تولید تریکوتسین در جدایههای<em>Fusarium graminearum</em> در استان سیستان و بلوچستان، نمونهگیری از مزارع گندم در سالهای زراعی 1390-1389 انجام گرفت. پس از کشت و خالصسازی نمونهها، با استفاده از کلیدهای شناسایی معتبر برای گونههای فوزاریوم، 293 جدایه فوزاریوم متعلق به هشت گونه فوزاریوم جداسازی و شناسایی شد. از بین جدایههای شناسایی شده فوزاریوم، گونه <em>F.</em><em>graminearum</em> بیشترین فراوانی (8/68%) را در بین گونههای دیگر داشت. پس از شناسایی مورفولوژیکی جدایههای <em>F.</em><em>graminearum</em>، تعداد 168 جدایه با استفاده از جفت آغازگرهای اختصاصی (Fg16F/Fg16R) این گونه شناسایی تکمیلی شده و مورد تأیید قرار گرفتند. در این جدایهها، وجود سه ژن <em>Tri13</em>، <em>Tri5</em> و <em>Tri7</em> با استفاده از روش PCR و آغازگرهای اختصاصی این ژنها ردیابی شد. دو تیپ شیمیایی NIV و DON در بین جدایههای <em>F.</em><em>graminearum</em> با جفت آغازگرهای اختصاصی این ژنها شناسایی شد. نتایج واکنش PCR با آغازگرهای اختصاصی نشان داد که تمام جدایههای آزمایش شده واجد ژنهای مؤثر در تولید تریکوتسین میباشند. بنابراین ردیابی ژنهای مؤثر در تولید تریکوتسین با استفاده از جفت آغارگرهای اختصاصی مذکور میتواند در تعیین جدایههای فوزاریوم تولیدکننده تریکوتسین جایگزین روشهای شیمیایی پرهزینه و زمانبر گردد. <br /> https://ab.basu.ac.ir/article_1088_c4b6814462f4a6cfb85915ecae1a9556.pdfدانشگاه بوعلی سینادوفصلنامه فن آوری زیستی در کشاورزی(علمی-پژوهشی)2476-63135220150525Evaluation of Genetic Diversity in Rapeseed Genotypes Using ISSR Markersبررسی تنوع ژنتیکی ژنوتیپهای مختلف کلزا با استفاده از نشانگرهای ISSR37431089FAساراصفریدانشآموخته کارشناسی ارشد اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی دانشگاه ایلام، ایلامعلی اشرفمهرابیدانشیار گروه زراعت و اصلاح نباتات، دانشگاه ایلام، ایلامJournal Article20130618Rapeseed (<em>Brassica napus</em>) with more than 40 percent of oil and more of 40 percent of cake protein and just 5 percent of saturated fatty acids in oil is accounted as an important oil grains. Evaluation of genetic diversity is the main and basic principles of each breeding program. In this study genetic diversity among 45 various genotypes investigated by 15 ISSR markers. For analysis of obtained data, amplified bands scored as zero (absent of band) and one (present of band) data with Darwin5.0, MEGA3.1 and Xlstat softwares. Cluster analysis of data obtained by use of Dice dissimilation coefficient and neighbor joining (NJ). Obtain dendrogram divided genotypes into five clusters. Number of all amplified alleles was 110 and equal to average of 7.33 alleles for each marker.Total distance among genotypes and Information polymorphism index mean was equal to 0.570 and 0.350 respectively. These markers were able to demonstrate three individual bands in UBC 125, 134 and 165 markers for Savannah, Olpro and Zarfam genotypes respectively. accordance obtained results from this study, peering is showing that using of more diverse genotypes can be considered for breeding programs in order to exploit heterosis for producing of hybrid. <br /> کلزا (<em>Brassica</em> <em>napus</em>) با بیش از 40 درصد روغن و بیش از 40 درصد پروتئین کنجاله و تنها با 5 درصد اسیدهای چرب اشباع در روغن، از دانههای روغنی عمدهی جهان محسوب میشود. ارزیابی تنوع ژنتیکی از اصول مهم و اساسی در هر برنامه اصلاحی است. در این تحقیق تنوع ژنتیکی بین 45 ژنوتیپ مختلف کلزا با استفاده از 15 نشانگر ISSR بررسی شد. برای تجزیه اطلاعات بهدست آمده، باندهای تکثیر شده بهصورت دادههای صفر (عدمحضور باند) و یک (وجود باند) امتیازدهی و با استفاده از نرمافزارهای Darwin 5.0، MEGA 3.1 و Xlstat تجزیه دادهها انجام گرفت. تجزیه کلاستر دادهها با استفاده از ضریب عدمتشابه دایس و روش نزدیکترین همسایه (NJ) بهدست آمد. براساس این نتایج، دندروگرام بهدست آمده ژنوتیپها را به پنج دسته تقسیم نمود. تعداد کل آللهای تکثیر شده 110و با میانگین 33/7 آلل برای هر نشانگر بود. درصد کل تنوع بین ژنوتیپها و میانگین شاخص چندشکلی اطلاعات (PIC) بهترتیب برابر با 570/0 و 350/0 بود. این نشانگرها توانستند 3 باند منحصربهفرد در نشانگرهای UBC 125، 134 و 165 بهترتیب برای ژنوتیپهای Savannah، Olpro و Zarfam نشان دهند. براساس نتایج بهدست آمده از این پژوهش بهنظر میرسد که استفاده از ژنوتیپهای متنوعتر جهت اجرای برنامههای اصلاحی، بهمنظور بهرهبرداری از هتروزیس و تولید هیبرید میتواند مورد توجه قرار گیرد. https://ab.basu.ac.ir/article_1089_cc44f883c8585a10166e4437d0fa111e.pdfدانشگاه بوعلی سینادوفصلنامه فن آوری زیستی در کشاورزی(علمی-پژوهشی)2476-63135220150525Simulation of Base (Historical) Population and Determining Accuracy of Linkage Disequilibrium in Genomic Simulated Studiesشبیهسازی جمعیت اولیه (تاریخی) و تعیین صحت عدمتعادل پیوستگی در مطالعات شبیهسازی ژنومی45511090FAحسینمهرباندانشجوی دکتری ژنتیک و اصلاح نژاد دام، گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرجاردشیرنجاتی جوارمیدانشیار ژنتیک و اصلاح نژاد دام، گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرجسید رضامیرایی آشتیانیاستاد ژنتیک و اصلاح نژاد دام، گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرجحسنمهربانی یگانهاستادیار ژنتیک و اصلاح نژاد دام، گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرجJournal Article20130520To investigate accuracy of linkage disequilibrium (LD) in genomic simulation studies a base population was simulated in two statuses LD with values of zero and one in first generation. Effective population size, LD and variance of markers frequency were used for determination of simulation accuracy. The results showed a high correlation between actual and expected effective population sizes. Also observed and expected LD’s were nearly similar and the given trend was improved with increasing effective population size. In addition, the variances of the observed and expected free recombination markers frequency were adapted with each other. According to the evaluated criteria the base population was accurately simulated which it could be used to generate the reference population. Based on the results, we suggest that proposed criteria should be used to verify the simulation after creating of historical population in genomic simulated studies. <br /> جهت بررسی صحت عدمتعادل پیوستگی در مطالعات شبیهسازی ژنومی، جمعیتی در دو حالت عدمتعادل پیوستگی صفر و یک در نسل اول شبیهسازی شد. از معیارهای اندازه مؤثر جمعیت، میزان عدمتعادل پیوستگی و واریانس بین نشانگرها جهت تعیین صحت شبیهسازی استفاده شد. نتایج نشاندهنده همبستگی بالا بین اندازه مؤثر جمعیت مشاهده شده و مورد انتظار بود. همچنین میزان عدمتعادل پیوستگی مشاهده شده و مورد انتظار بر هم منطبق شدند و چنین روندی با افزایش اندازه جمعیت مؤثر وضعیت مطلوبتری پیدا کرد. بهعلاوه میزان واریانس مشاهده شده و مورد انتظار بین نشانگرها در حالت نوترکیبی آزاد نیز بر یکدیگر منطبق شدند. با توجه به معیارهای مورد بررسی میتوان گفت که جمعیت اولیه به درستی شبیهسازی شده است و میتوان از آن برای توسعه جمعیت مرجع استفاده کرد. با توجه به نتایج بهدست آمده پیشنهاد میشود در مطالعات شبیهسازی ژنومی پس از تشکیل جمعیت اولیه از معیارهای ارائه داده شده جهت بررسی صحت شبیهسازی استفاده شود.https://ab.basu.ac.ir/article_1090_49f29f71bad89c381238a86d4a0add72.pdfدانشگاه بوعلی سینادوفصلنامه فن آوری زیستی در کشاورزی(علمی-پژوهشی)2476-63135220150525Assessment of EMS-induced Variations In rice Mutant Lines Using ISSR Markerبررسی تغییرات ناشی از جهش با اتیلمتانسولفونات (EMS) در لاینهای موتانت برنج با نشانگر ISSR53611091FAاسداللهاحمدیخواهاستادیار گروه بیوتکنولوژی، دانشکده مهندسی انرژی و فناوری های نوین، دانشگاه شهید بهشتی تهرانهدیشجائیاندانشآموخته کارشناسی ارشد، گروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی، دانشکده تولید گیاهی دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان، گرگانمحمد هادیپهلوانیدانشیار گروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی، دانشکده تولید گیاهی دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان، گرگانلیلانیری پسنددانشآموخته کارشناسیارشد، گروه زراعت و اصلاح نباتات، دانشکده علوم زراعی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساریJournal Article20130923Abstract <br />Using mutation has been relevant to induce genetic variation and new genetic material, and it was used to improve different qualitative and quantitative traits in crop plants. In this research, eighteen rice mutant lines which were selected from a mutant population developed from mutagenesis of rice elite cultivar Neda by using ethyl methane sulfonate (EMS) for reduced plant height, higher tiller number, early maturation and higher yield, were evaluated at molecular level using ISSR markers. Eight out of 10 primers successfully amplified DNA from different genotypes. In total, 67 bands (in average 8.4 bands per primer) were produced, 53.7% of which showed polymorphism between genotypes. Average Nei`s genetic diversity in the studied population was 14.1%. Highest similarity to original cultivar (86.8%) belonged to high-yielding mutant group and lowest similarity (76.7%) belonged to high-tiller mutant group. Cluster analysis using UPGMA method, placed the original cultivar alone in one cluster and 4 mutant groups in another distinct cluster. Cluster analysis was also performed separately in each sub-cluster that except for high-tiller group it could discriminate the original cultivar from any other three mutant groups. On the basis of the results of this research, it can be concluded that mutation technique was a desirable method for inducing genetic variation in rice and also it is possible to use ISSR markers for identification of mutant lines in populations developed from mutagenesis by EMS. <br /> استفاده از جهش جهت ایجاد تنوع ژنتیکی و مواد ژنتیکی جدید از دیرباز متداول بوده و از آن برای بهبود خواص کمّی و کیفی مختلف در گیاهان سود جستهاند. در این تحقیق، هجده لاین موتانت برنج که برای پاکوتاهی، تعداد پنجه زیاد، زودرسی و عملکرد بالا از بین یک جمعیت موتانت حاصل از جهشزایی رقم الیت ندا با اتیلمتانسولفونات (EMS) انتخاب شده بودند، مورد ارزیابی مولکولی با آغازگرهای ISSR قرار گرفتند. از 10 آغازگر مورد استفاده، 8 آغازگر DNA ژنوتیپهای مختلف را تکثیر کردند. تعداد کل نوارهای تولید شده 67 نوار (به ازای هر آغازگر بهطور متوسط 4/8 نوار) بود که 7/53 درصد آنها چندشکلی بین ژنوتیپها را نشان دادند. متوسط ضریب تنوع ژنی نئی در جمعیت مورد مطالعه، 1/14 درصد بهدست آمد. بیشترین شباهت به رقم مادری (8/86 درصد) مربوط به گروه موتانتهای پرعملکرد و کمترین شباهت (7/76 درصد) مربوط به گروه موتانتهای پرپنجه بود. تجزیه خوشهای با روش UPGMA، رقم مادری را در یک گروه و 4 دسته لاینهای موتانت را در گروه جداگانهای قرار داد. تجزیه خوشهای در هر گروه از لاینهای موتانت نیز بهطور جداگانه انجام شد که به استثنای دسته موتانتهای انتخابی برای تعداد پنجه زیاد، در هر سه دسته دیگر رقم مادری بهتنهایی در یک گروه و همه موتانتهای انتخابی در گروه جداگانهای قرار گرفتند. براساس نتایج این تحقیق، میتوان نتیجهگیری کرد که تکنیک جهش برای ایجاد تنوع ژنتیکی در برنج مطلوب بوده و از نشانگرهای ISSR میتوان برای شناسایی لاینهای موتانت در جمعیتهای حاصل از جهشزایی با EMS استفاده کرد.https://ab.basu.ac.ir/article_1091_10bed3b20659294e248dcd08108e58c9.pdfدانشگاه بوعلی سینادوفصلنامه فن آوری زیستی در کشاورزی(علمی-پژوهشی)2476-63135220150525Construction of a Multifunctional Chloroplast Vector to Make Transgenic Plants Producing Biodegradable Biopolymer and Resistant to Salt, Drought and Cold Stressesساخت سازه چندمنظوره کلروپلاستی برای ایجاد گیاهان تراریخته تولیدکننده بیوپلیمر زیستتخریبپذیر و مقاوم به شوری، خشکی و سرما63721092FAمطهرهمحسن پورپژوهشگر و عضو هیأت علمی پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی ایران، کرجمسعودتوحیدفرپژوهشگر و عضو هیأت علمی پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی ایران، کرجJournal Article20130906Abstract <br />The objective of the present study was to design and construction of a specific chloroplast vector to produce biodegradable biopolymers and also induce abiotic tolerance in transgenic plants. To do this, three genes involved in Polyhidroxybutirate biosynthetic pathway were isolated. The genes isolation and functionality accuracy was proved using expression in recombinant <em>E</em>. <em>coli</em>. Then an inducible expression cassette was designed for this operon under control of <em>groE</em> promoter and Thr terminator and subsequently cloned adjacent of <em>neo</em> selectable marker gene integrated with large subunit of <em>atpB</em> under control of <em>psbA</em> promoter and terminator among <em>loxP</em> sequences. The resulting cassette was cloned in the center of a 4Kb fragment from chloroplast genome that makes possibility of transgene targeting into <em>trnI/trnA</em>intergenic region by homologous recombination. These recombinant plastid vectors were called pFNPi(+) and pFNPi(-). Moreover <em>badh</em> gene was added to the chloroplast vector. This gene coding a protein detoxifing Betaine could be used for resistance to salt, drought and cold stresses. After intron removing, codon optimization and remove of internal restriction enzyme recognition sites was placed under Prrn promoter and T7gene10 5’UTR. The final resulting vector called pFBNPi will be suitable for bacteria and plant transformation for production of biodegradable biopolymer and resistant transplastomic plant for salt, drought and cold stresses.چکیده <br /> هدف از تحقیق حاضر طراحی و ساخت ناقلین اختصاصی انتقال و بیان کلروپلاستی ژنهای تولید کننده بیوپلیمر و ایجاد تحمل به تنشهای غیرزنده بود. بدینمنظور سه ژن درگیر در مسیر بیوسنتزی پلیهیدروکسی بوتیرات جداسازی شد و صحت جداسازی و عملکردی بودن ژنها پس از بیان در وکتور بیانی و تولید باکتری نوترکیب تولیدکنندهی PHB اثبات گردید. سپس یک کاست بیانی القایی برای این گروه ژنی تحت پیشبر <em>groE</em> و پایانبر <em>Thr</em> طراحی و در راستای نشانگر <em>neo</em> ادغام شده با زیرواحد بزرگ <em>atpB</em> تحت پیشبر و پایانبر کلروپلاستی <em>psbA</em> و بین توالیهای <em>loxP</em> همسانهسازی شد. کاست حاصل در مرکز توالی هدفگیریکننده کلروپلاستی چهارکیلوبازی که از ژنوم پلاستیدی جهت ایجاد امکان الحاق کاستها به داخل ناحیه بین ژنی <em>trnI</em>/<em>trnA</em> ژنوم کلروپلاستی از طریق نوترکیبی همولوگ جداسازی شده بود، همسانهسازی گردید و دو ناقل پلاسمیدی نوترکیب تحت عنوان pFNPi(+) و pFNPi(-) ساخته شد. علاوهبر این ژن <em>badh</em> که با رفع سمیّت از بتائین آلدهید علاوهبر ایجاد مقاومت به شوری، خشکی، سرما بهعنوان نشانگر غیرآنتیبیوتیکی نیز قابل استفاده است، پس از حذف اینترونها، بهینهسازی کدونی، حذف جایگاههای شناسایی آنزیمهای اندونوکلئاز داخلی که تحت پیشبر Prrn کلروپلاستی و 5’UTR T7gene10 قرار داده شده بود به وکتور کلروپلاستی مذکور اضافه گردید. سازه حاصل تحت عنوان pFBNPi مناسب برای انتقال ژن به باکتری و ژنوم پلاستیدی گیاه بوده و جهت ایجاد گیاهان مقاوم به شوری، خشکی، سرما و تولیدکنندهی بیوپلیمر زیستتخریبپذیر PHB مورد استفاده قرار خواهد گرفت. <br /> https://ab.basu.ac.ir/article_1092_9fc0815a195558c4e77f19f94adece8a.pdfدانشگاه بوعلی سینادوفصلنامه فن آوری زیستی در کشاورزی(علمی-پژوهشی)2476-63135220150525Occurance and Detection of Bean Yellow Mosaic Virus In Faba Bean Fields of Kerman Provinceردیابی و شناسایی ویروس موزاییک زرد لوبیا (Bean yellow mosaic virus) از مزارع باقلای استان کرمان73781093FAزهرهداودیدانشجوی سابق کارشناسیارشد بیماریشناسی گیاهی گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی دانشگاه ولیعصر رفسنجان، رفسنجانثمینحسینیاستادیار گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی دانشگاه ولیعصر رفسنجان، رفسنجاناحمدحسینیاستادیار گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی دانشگاه ولیعصر رفسنجان، رفسنجانJournal Article20131020 <br />Abstract <br />Faba bean is an important legume in Iran and many other countries. <em>Bean yellow mosaic virus</em> (BYMV) has been found in faba bean fields in a number of countries. In this survey, during 2010 growing season, a total of 240 faba bean samples with mosaic, distortion and stunting symptoms suspected for BYMV infection were collected from faba bean fields of Jiroft, Kerman province. These samples were analyzed using BYMV polyclonal antibody in serological tests (DAS-ELISA and TPIA). In faba bean fields of Jiroft, the percentage of infection with BYMV was 62.5. Among the collected weeds, only two samples of <em>Chenopodium quinoa </em>were infected by BYMV. In greenhouse mechanical inoculation assays, the virus induced local lesions and systemic symptoms on a number of plant species of Chenopodiaceae, Amaranthaceae, Fabaceae, Solanaceae and Brassicaceae families. A fragment of 1700 nt length from the NIb, CP and 3´-UTR regions of a BYMV isolate (J2) was amplified in IC-RT-PCR using a <em>Potyviridae</em> universal primer pairs. BLAST analysis on the partial NIb region of the isolate and comparison of the nucleotide sequence showed that this isolate is similar to a Japanese isolate. This is the first report of occurrence of BYMV in faba bean fields of Kerman province. <br /> چکیده <br /> باقلا با نام علمی <em>Vicia faba</em> L. یکی از حبوبات عمده در ایران است. ویروس موزاییک زرد لوبیا (<em>Bean yellow mosaic virus</em>) در بسیاری از کشورها از مزارع باقلا جداسازی شده است. برای ردیابی و شناسایی آن در مزارع باقلای شهرستان جیرفت، استان کرمان، در سال زراعی 1390، 240 نمونهی برگی دارای علایم موزاییک خفیف تا شدید، کوچکی و بدشکلی برگها و همچنین تعدادی نمونه فاقد علایم ویروسی و 15 نمونه علف هرز جمعآوری گردید. ابتدا نمونهها با استفاده از آزمونهای سرولوژیکیDAS-ELISA و TPIA و آنتیبادی چندهمسانهای BYMV مورد بررسی قرار گرفتند. 150 نمونه از نمونههای مورد بررسی به ویروس BYMV آلوده بودند. در بین علفهای هرز جمعآوری شده، دو بوتهی سلمهتره (<em>Chenopodium quinoa</em>) در مزارع شهرستان جیرفت آلوده به BYMV بودند. در شرایط گلخانهای یک جدایهی انتخابی ویروس (J2) بر روی برخی از گیاهان خانوادههای اسفناج، بقولات، تاجخروس، سیبزمینی و شببو لکه موضعی و علایم سیستمیک ایجاد کرد. یک قطعهی 1700 جفت بازی شامل نواحی NIb، CP و 3´-UTR جدایهی J2 با استفاده از جفت آغازگرهای عمومی تیره <em>Potyviridae</em>در آزمون IC-RT-PCR تکثیرشد. نتیجهی بررسی ترادف نوکلئوتیدی ناحیهی NIb نشان داد که جدایهی مورد بررسی همراه با یک جدایهی ژاپنی جدا شده از روی باقلا در یک گروه قرار میگیرند. در این تحقیق برای اولینبار ویروس BYMV از مزارع باقلای استان کرمان جداسازی شد. <br /> https://ab.basu.ac.ir/article_1093_204681777bdc7e9d6e6e7eee0ddf2e25.pdfدانشگاه بوعلی سینادوفصلنامه فن آوری زیستی در کشاورزی(علمی-پژوهشی)2476-63135220150525Tomato Mosaic Virus Occurrence Infecting Cucurbits In Some Provinces of Iranوقوع ویروس موزائیک گوجهفرنگی آلودهکننده کدوئیان در برخی از استانهای ایران79861094FAاطهرعلی شیریفارغ التحصیل کارشناسیارشد گروه بیماریشناسی گیاهی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، واحد علوم و تحقیقات دانشگاه آزاد اسلامی، تهرانفرشادرخشنده رواستادیار گروه بیماریشناسی گیاهی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، واحد علوم و تحقیقات دانشگاه آزاد اسلامی، تهرانJournal Article20131009Abstract <br /><em>Tomato mosaic virus</em> is one of the most damaging viruses infecting vegetable crops. This study was conducted to estimate the distribution of ToMV in some cucurbit plants including cucumber, squash and watermelon. Toward this aim, during the years 2008 to 2010 samples were taken from numbers of cucurbit cultivations of different provinces of Iran. Leaf samples were selected from symptomatic plants and tested with DAS-ELISA method. Samples with positive reaction with antisera in ELISA were further selected for subsequent assays. Bioassay was done using with the herbaceous host plants and mechanical inoculations. RT-PCR was done with the total RNA extracted from the leaf samples. Samples were amplified by semi-nested RT-PCR using with the universal tobamovirus primer and <em>Tomato mosaic virus</em> (ToMV) specific primer pairs. A desired DNA fragment with a size about 675 bp was amplified for ToMV infected plants. Results of the ELISA, RT-PCR tests and bioassay confirmed the presence of ToMV in different cucurbit crops as follow: cucumber and squash in Maragheh district, watermelon in Orumia district, cucumber in Zahedan and Roodan districts and squash in Varamin district. Results of this study indicated that cultivated cucrbits in Iran are infected with ToMV. It is necessary to consider the ToMV control management strategy in general control management scheme for cucurbit plants.چکیده <br /> ویروس موزائیک گوجهفرنگی <em>Tomato mosaic virus</em> (ToMV) یکی از مخربترین ویروسهای آلودهکننده سبزیجات میباشد. این تحقیق بهمنظور برآورد وضعیت پراکنش ToMV در برخی از کدوئیان شامل خیار، کدو و هندوانه صورت گرفت. برای این منظور طی سالهای 1387 تا 1389 از چندین مزرعه از استانهای مختلف کشور نمونهبرداری انجام شد. نمونههای برگی از بوتههای علائمدار انتخاب و با استفاده از روش الیزای مستقیم مورد ارزیابی قرار گرفتند. نمونههایی که آلوده تشخیص داده شدند برای ادامه کار انتخاب شدند. تعیین دامنه میزبانی با استفاده از مایهزنی مکانیکی گیاهان محک انجام شد. تأیید آلودگی نمونهها با استفاده از آزمون مولکولی RT-PCR و با Total RNA استخراج شده از نمونهها انجام شد. این آزمون به روش semi-nested RT-PCR و با استفاده از آغازگر عمومی توباموویروسها و آغازگر اختصاصی مربوط به گونه ToMV انجام پذیرفت. باند مورد انتظار معادل 675 جفت باز برای نمونههای آلوده بهدست آمد. نتایج آزمونهای الیزا، زیستسنجی و RT-PCR وجود ویروس موزائیک گوجهفرنگی را در کدوئیان مختلف شامل خیار و کدو مسمای از مراغه، هندوانه از ارومیه، خیار از زاهدان و رودان و کدو مسمائی از ورامین اثبات نمود. نتایج این تحقیق نشان داد کدوئیان کاشته شده در ایران به ویروس موزائیک گوجهفرنگی آلوده میباشند و لازم است که در اتخاذ برنامههای مدیریت کنترل بیماریهای کدوئیان اجرای اصول مبارزه با ToMV نیز مدنظر قرار گیرد. <br /> https://ab.basu.ac.ir/article_1094_e0c77734cee34847e91b4f1964820ff1.pdfدانشگاه بوعلی سینادوفصلنامه فن آوری زیستی در کشاورزی(علمی-پژوهشی)2476-63135220150525Mechanisms to Increase the Production of Recombinant Proteins in Plant Chloroplastsمکانیسمهای افزایش تولید پروتئینهای نوترکیب در کلروپلاست گیاهان87971095FAمختارجلالی جواراندانشیار گروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی کشاورزی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تربیت مدرس، تهرانمژگانسلیمانی زادهدانشجوی دکتری بیوتکنولوژی کشاورزی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد، مشهدبابکلطیفدانشجویان دکتری اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تربیت مدرس، تهرانشهلارزمیدانشجویان دکتری اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تربیت مدرس، تهرانملینایاربختدانشجوی دکتری نانوبیوتکنولوژی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس، تهرانJournal Article20131031Abstract <br />Molecular farming is the use of plants to produce valuable pharmaceutical proteins in the bulky and cost-effective manner. Molecular farming and the production of recombinant proteins (such as insulin, interferon-gamma, tissue plasminogen activator, etc.) in transplastomic plants, has achieved a great success in Iran. Due to the growing demand for recombinant proteins, the selection of a proper expression system is very important. Chloroplast genome engineering, for its many advantages, is one of the suitable methods for the production of recombinant proteins. To achieve high levels of recombinant proteins in chloroplasts, plastid’s specific transcription, translation and post-translational modifications should be considered. Some of the strategies used for increasing of foreign proteins in chloroplast can be mentioned: gene insertion in the suitable site in chloroplast genome, use of strong promoters, appropriate regulatory sequences in the 5' and 3' UTRs, codon optimization, and utilization of factors enhancing protein stability such as chaperons and fusion proteins. In this article, besides a brief description about chloroplast and its genome, methods for enhancing recombinant protein production in transplastomic plants were discussed. <br /> چکیده <br /> تولید پروتئینهای ارزشمند داروئی و مهم کاربردی در حجم انبوه و ارزان از طریق گیاهان، زراعت مولکولی نام دارد. زراعت مولکولی و تولید پروتئینهای نوترکیب در گیاهان تراریخت کلروپلاستی در ایران با موفقیتهای ارزشمندی همراه بوده است که تولید پروتئینهای داروئی انسولین، اینترفرون گاما، فعال کنندهی پلاسمینوژن بافتی و ... نمونههایی از این موفقیتها میباشند. بهدلیل نیاز روز افزون به پروتئینهای نوترکیب، انتخاب یک سیستم بیانی مناسب برای تولید آنها حائز اهمیت است. مهندسی ژنوم کلروپلاست به دلیل داشتن مزایای بسیار، یکی از روشهای مناسب برای تولید پروتئینهای نوترکیب میباشد. به منظور دستیابی به سطوح بالای پروتئینهای نوترکیب در اندامک کلروپلاست بایستی با توجه به سیستم رونویسی، ترجمه و تغییرات پس از ترجمه در این اندامک به نحوی کارآمد از پتانسیلهای بیانی آن بهره گرفت. از جمله راهکارهای افزایش میزان پروتئین خارجی در کلروپلاست میتوان به درج ژن در محل مناسب در ژنوم کلروپلاست، استفاده از راهانداز قوی، استفاده از توالیهای تنظیمی مناسب در انتهای <sup>׳</sup>5 و <sup>׳</sup>3 ژنهای ورودی، بهینهسازی کدونی و استفاده از عوامل افزایشدهنده پایداری پروتئین نظیر چاپرونها و پروتئینهای فیوژن اشاره کرد. بر اساس یافتههای اخیر در زمینه تولید پروتئینهای نوترکیب و زراعت مولکولی، در این مقاله تلاش گردیده تا ضمن معرفی مختصر کلروپلاست و ژنوم آن، مکانیسمهای افزایش میزان پروتئینهای نوترکیب در گیاهان تراریخت کلروپلاستی مورد بحث و بررسی قرار گیرد. <br /> https://ab.basu.ac.ir/article_1095_f0de2196e35cd84689471d766ea9891d.pdfدانشگاه بوعلی سینادوفصلنامه فن آوری زیستی در کشاورزی(علمی-پژوهشی)2476-63135220150525Morphological and Molecular Identification of Peyronellaea glomerata as Causal Agent of Leaf Spot of Field Bindweed in Kurdistan Provinceشناسایی مورفولوژیکی و مولکولی glomerata Peyronellaea عامل لکه برگی پیچک صحرایی در استان کردستان991041096FAشیماباقرآبادیدانشآموخته بیماریشناسی گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه بوعلیسینا، همداندوستمرادظفریدانشیار گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه بوعلیسینا، همدان0000-0002-2108-8115محمد جوادسلیمانیدانشیار گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه بوعلیسینا، همدانفاطمهقبادی انوردانشجوی کارشناسیارشد بیماریشناسی گیاهی، دانشکده کشاورزی، پردیس دانشگاه لرستان، خرمآبادJournal Article20141127Abstract <br />During the autumn of 1392 strawberry farms were inspected in the province of Kurdistan. In most fields, leaf spot symptoms of field bindweed were observed. Infected tissues surface sterilized with 5.0 percent sodium hypochlorite and were cultured on the medium PDA (potato, dextrose, agar). After seven days of incubation at 25-23°C, purifiction was done from edge of colonies in the maner of hyphal tip on water-agar medium. A total of 21 isolates posses pycnidium obtained that were morphologically similar. one of the isolates as representative was choosen and its ITS1, ITS2 and 5.8s gene was sequenced. Finally, based on the results of morphological and molecular studies the causal agent of leaf spot of field bindweed was diagnosed as <em>Peyronellaea</em> <em>glomerata</em>. This is the first report of <em>P. glomerata</em> leaf spot on field bindweed. This fungus can be used as biocontrol agents in the integrated control of field bindweed if does not able to disease other crop in Kurdistan area. <br />چکیده <br /> طی پاییز سال 1392 از مزارع توتفرنگی در مناطق مختلف استان کردستان بازدید بهعمل آمد. در اکثر مزارع، علفهرز پیچک صحرایی با علائم لکه برگی مشاهده و جمعآوری شد. بافتهای دارای علائم پس از ضدعفونی سطحی با هیپوکلریتسدیم 5/0 درصد روی محیطکشت PDA (سیبزمینی، دکستروز، آگار) کشت داده شد. پس از هفت روز انکوباسیون در دمای 25-23 درجه سانتیگراد، پرگنه قارچ از قطعات کشت داده شده جدا و خالصسازی گردید. در مجموع 21 جدایه قارچی واجد پیکنیدیوم بهدست آمد که از نظر مورفولوژیکی کاملاً شبیه بودند. یکی از جدایهها، بهعنوان نماینده مورد بررسی مولکولی قرار گرفت و نواحی ITS1، ITS2 و ژن 5.8s آن تعیین توالی شد. در نهایت، براساس نتایج بررسیهای مورفولوژیکی و مولکولی قارچ عامل لکهبرگی پیچک صحرایی، <em>Peyronellaea glomerata</em> تشخیص داده شد. این اولین گزارش از <em>P. glomerata</em> بهعنوان عامل لکه برگی روی پیچک صحرایی میباشد. بنابراین در صورتیکه این قارچ روی گیاهان زراعی منطقه بیماریزایی نداشته باشد، میتواند بهعنوان عامل بیوکنترل در مبارزه تلفیقی با پیچک صحرایی مورد استفاده قرار گیردhttps://ab.basu.ac.ir/article_1096_0f3da3d9db24d10dfe49faf344cb2baa.pdf