@article { author = {mekanik, mahsa and bagheri, khadije and maleki zanjani, bahram and tohidfar, masoud}, title = {Preparation of a Seed Specific Construct Containing Sequences OMEGA and SAR in Order to Increasing Gene Expression in Plant Seed}, journal = {}, volume = {4}, number = {2}, pages = {1-7}, year = {2014}, publisher = {}, issn = {2476-6313}, eissn = {2476-566X}, doi = {}, abstract = {Low level expression of transgene is one of the most important factors limiting production of recombinant proteins in plants. Some ways that help to increasing gene expression are selecting of appropriate tissue and improving transgen expression. For this ,purpose, in this study we endeavorto obtain specifically gene expressionin plant seeds as well as improving desired gene expression by design and preparation of seed specific construct containing effective sequences in expression (OMEGA and SAR).Omega sequence acts as translation regulator and enhances the translation efficiency. It is believed that SAR fragment inhibits the silence of transgene by different mechanisms.In the first step, omega sequence joined to upstream of GUS gene by specific primers and PCR reaction. The SAR sequence (pS206-1), isolated from tobacco genome and then spliced to downstream of GUS gene by SOEingPCR reaction. The resulting fusion fragment with the expected size cloned in TA cloning vector. Cloning in TA vector was confirmed by colony-PCR, restriction enzyme digestion and sequencing. To obtain seed specific cassette we subcloned fusion fragment in plant expression vector pBI121 in which CaMV35s promoter has been replaced with seed specific promoter. Cloning was confirmed by colony-PCR and digestion.}, keywords = {}, title_fa = {تهیه سازه اختصاصی بذر حاوی قطعات OMEGA و SAR به منظور افزایش بیان ژن در بذر گیاه}, abstract_fa = {پایین­بودن سطح بیان ژن­ها، از مهم­ترین فاکتورهای محدودکننده تولید پروتئین­های نوترکیب در گیاهان می­باشد. انتخاب بافت مناسب گیاه جهت بیان و نیز بهبود تظاهر قطعه ژنی از جمله راه­های افزایش بیان ژن در گیاه می­باشند. در این پژوهش با طراحی و تهیه سازه اختصاصــــی بذر به­هــــمراه قطعـــات افزایـــنده بیــان ژن؛ OMEGA(Tobacco Mosaic Virus 5' –leader) و SAR (Scaffold Attachment Region) سعی شده است تا ضمن بیان اختصاصی ژن موردنظر در بذر گیاه، بیان آن نیز افزایش یابد. توالی OMEGA مورد استفاده، به­عنوان یک تنظیم­کننده ترجمه عمل می­کند و کارآیی ترجمه را بالا می­برد و توالی SAR با مکانیزم­های مختلف می­تواند از خاموشی ژن منتقل­شده جلوگیری کند. در ابتدا با طراحی آغازگرهای اختصاصی و انجام واکنش PCR قطعه OMEGA به ابتدای ژن GUS متصل شد. قطعه­ی SAR (pS206-1)  نیز از ژنوم گیاه توتون جداسازی گردید. سپس دو قطعه با استفاده از روش SOEingPCR به هم متصل شدند به­نحوی­که توالی OMEGA در بالادست ژن GUS و توالی SAR در پایین­دست آن قرار گرفت. صحت قطعه حاصله (Ω-GUS-pS206-1) با استفاده از هضم آنزیمی و توالی­یابی مورد تأیید قرار گرفت. سپس ساب­کلونینگ در ناقل گیاهی pBI121 حاوی پیش­برنده اختصاصی بذر انجام شد.}, keywords_fa = {سازه اختصاصی بذر,SOEingPCR,SAR,OMEGA,افزاینده بیان}, url = {https://ab.basu.ac.ir/article_750.html}, eprint = {https://ab.basu.ac.ir/article_750_2f69175c76d4042d678e92de8a8ea8e2.pdf} } @article { author = {mozafari, ali akbari and kamangar, kazhal and shoshtari, liya}, title = {Somatic Embryogenesis in Different Organs of Two Cultivars Chickpea (Cicer arietinum L.)}, journal = {}, volume = {4}, number = {2}, pages = {9-16}, year = {2014}, publisher = {}, issn = {2476-6313}, eissn = {2476-566X}, doi = {}, abstract = {The lack of efficient and effective systems for in vitro chickpea regeneration is one of the main limitation related to the cellular and genetically manipulation of chickpea. Through tissue culture technology, chickpea breeding and improvement for the development of disease resistant varieties and varieties for high yield can be provided. In the recent decades, for transgenic plants production and gene transfer by new methods such as somatic embryogenesis and callus production, extensive studies are underway. In this study, to induce Somatic embryogenesis in chickpea (Cicer arietinum L.), the cultivars Piruz and Kaka, was used. Different explants (leaf, hypocotyls, epicotyls) were evaluated, as were different culture media, the composition of which varied in the content of plant growth regulators [Zeatin(Zea) 2,4,- chloro phenoxy acetic acid (2,4-D), Benzyl adenine (BA) and naphtalin acetic acid (NAA)]. The experiments were include two stages. One stage including embryogenic callus and second stage including induction somatic embryos. Embryogenic calli were produced on MS culture medium containing four concentrations of 2,4-D and NAA (2, 3, 4, 5 mg/l). Maximum frequency of embryogenic callus from hypocotyl explants(96.3%) was obtained from the media containing 5 mg/l 2,4-D in Kaka cultivar. Somatic embryos were formed when embryogenic callus were transferred to MS medium containing 0.5 mg/l BA, 2,4-D, half-strength MS containing 1mg/l Zeatin, and MS Medium containing 0.5 mg/l BA and 1 mg/l 2,4-D. Maximum frequency of somatic embryos (58.33%) from leaf explants in cultivar Kaka were obtained from the media containing 0.5­mg/l BA and 2,4-D.}, keywords = {Chickpea,Somatic Embryogenesis,Callus induction,Plant growth regulators}, title_fa = {تولید جنیــن های ســـوماتیکی در اندام های مختــلف دو رقــم نخــود زراعـی (Cicer arietinum L.)}, abstract_fa = {عدم­وجود سیستم مؤثر و کارآ برای باززایی گیاه نخود در شرایط درون­شیشه‌ای، یکی از محدودیت‌های اصلی در رابطه با دست­ورزی سلولی و ژنتیکی نخود می‌باشد. از طریق تکنولوژی کشت بافت، ارتقاء و بهبود این محصول جهت ایجاد و توسعه ارقام مقاوم به بیماری و واریته‌های پرعملکرد فراهم می­گردد. در دو دهه اخیر برای تولید گیاهان تراریخته و انتقال ژن با استفاده از تکنیک­های جدید مانند جنین­زایی سوماتیکی و تولید کالوس مطالعات وسیعی در دست اجراست. در این مطالعه برای انگیزش جنین­زایی سوماتیکی در نخود زراعی از ارقام پیروز و کاکا استفاده شد. برای انجام آزمایش از ریزنمونه­های مختلف (برگ، هیپوکوتیل و اپی­کوتیل) و غلظت­های مختلف تنظیم­کننده­های مختلف رشد (زآتین (Zea)، بنزیل­آدنین (BA)، نفتالیناستیک اسید (NAA) و 2،4 – دی­کلروفنوکسی­استیک اسید (2,4-D)) استفاده شد. آزمایشات شامل دو مرحله بود؛ مرحله اول انگیزش کالوس جنین­زا و مرحله دوم جنین­زایی سوماتیکی کالوس­های جنین­زا روی محیط­کشت موراشیگ و اسکوگ (MS) حاوی چهار غلظت (2، 3، 4 و5 میلی­گرم در لیتر) 2,4-D و NAA تولید شدند. حداکثر کالوس جنین­زا در رقم کاکا از ریزنمونه هیپوکوتیل (3/96%) روی محیط­کشت حاوی 5 میلی­گرم در لیتر 2,4-D به­دست آمد. برای تولید جنین­های سوماتیکی، کالوس­های جنین­زا به محیط­کشت MS حاوی 5/0 میلی­گرم در لیتر BA و 2,4-D، محیط­کشت ½ MS حاوی 1 میلی­گرم در لیتر Zea و محیط­کشت MS حاوی 5/0 میلی­گرم در لیتر BA و 1 میلی­گرم در لیتر 2,4-D انتقال داده شدند.  بالاترین فراوانی جنین­ سوماتیکی مرحله قلبی (­33/58%) در رقم کاکا از ریزنمونه­های برگ روی محیط­کشت MS حاوی 5/0 میلی­گرم در لیتر BA و 2,4-D حاصل شد.   }, keywords_fa = {نخود,جنین‌زایی,القاءکالوس,تنظیم کننده رشد}, url = {https://ab.basu.ac.ir/article_751.html}, eprint = {https://ab.basu.ac.ir/article_751_759dcd0b9ccbdfdfb68da563605c6c54.pdf} } @article { author = {hedayat ivarigh, nemat and miraee ashtiyani, seyed reza and moradi share babak, Mohammad}, title = {Comparison of Iranian One and Two Humped Camels Based on MYF5 Gene Associated With Growth Traits}, journal = {}, volume = {4}, number = {2}, pages = {17-23}, year = {2014}, publisher = {}, issn = {2476-6313}, eissn = {2476-566X}, doi = {}, abstract = {Tenderness is one of the important characteristics of meat and desired to consumers. MYF5 plays a key role in the regulating of formation and development of skeletal muscle and considered as a candidate gene associated with growth and meat quality characteristics. In this study blood samples from 180 camels; include 40 Camelus bactrinus and 140 Camelus deramedarius was randomly collected. To ascertain whether there was variation in the camel MYF5 gene, we have developed a method of PCR–single-strand conformational polymorphism (PCR–SSCP) analysis. In this study, exon 1 region of the MYF5 gene were investigated and four unique SSCP patterns observed. Two SNPs were detected with substitution of A/G and G/A in 97 and 367 position, respectively that create four haplotypes, related to banding patterns. In comparison to the other populations of one humped camels, genetic divergence between populations showed that Bactrian camels have a greater genetic distance.}, keywords = {Camelus bactrianus,Camelus dramedarius,Genetic distance,PCR-SSCP}, title_fa = {مقایسه شترهای تک کوهانه و دوکوهانه ایران براساس ژن MYF5 مرتبط با صفات رشد}, abstract_fa = {تردی گوشت یکی از صفات مهم در صنعت تولید گوشت و یکی از خصوصیات مهم از نظر مصرف­کننده می­باشد. ژن میوژنیک فاکتور 5 (MYF5) نقش کلیدی تنظیم­کنندگی در تشکیل و توسعه ماهیچه اسکلتی ایفا می­کند و به­عنوان یک ژن کاندیدا در صفات مرتبط با رشد و کیفیت گوشت به­شمار می­رود. در این پژوهش از تعداد 40 نفر شتر دوکوهانه و 140 نفر از سه جمعیت مختلف شتر تک­کوهانه به­صورت تصادفی خون­گیری به­عمل آمد. برای تعیین تنوع ژنتیکی در اگزون 1 ژن MYF5 از روش PCR-SSCP استفاده شد و چهار الگوی متفاوت مشاهده گردید. توالی­یابی جهش در موقعیت­های 99 و 367 را نشان داد که به­ترتیب تغییر نوکلئوتید A به G و G به A را موجب می­شود و باعث ایجاد چهار هاپلوتایپ که مرتبط با چهار الگوی متفاوت بودند، می­شود. همچنین فاصله ژنتیکی نشان داد که شترهای دوکوهانه نسبت به جمعیت­های دیگر شترهای تک­کوهانه دارای فاصله ژنتیکی بیشتری می­باشند.}, keywords_fa = {شترهای تک کوهانه,شترهای دوکوهانه,فاصله ژنتیکی,PCR-SSCP}, url = {https://ab.basu.ac.ir/article_752.html}, eprint = {https://ab.basu.ac.ir/article_752_d19b6142799a36bc30008c3d20c086bc.pdf} } @article { author = {lava, azad and salari, Mohammad and sabagh, seyed kazem and sepeheri kiya, saeedeh}, title = {PCR Reaction for Surveying the Genetic Potential of Deoxynivalenol and Nivalenol Production of the Wheat usarium culmorum Isolates in the West Azarbayjan Province}, journal = {}, volume = {4}, number = {2}, pages = {25-32}, year = {2014}, publisher = {}, issn = {2476-6313}, eissn = {2476-566X}, doi = {}, abstract = {Fusarium Head Blight is known as one of the most important cereal diseases in the world. Fusarium culmorum and F. graminearum are the major causal agents of this disease throughout the world. F. culmorum and F. graminearum contaminate seeds with mycotoxins and decreases the product quality and quantity. In this investigate, a total of 98 isolates from different fields of west Azarbayjan province, Iran, were identified as F. culmorum using traditional identification techniques and C51F/C51R species-specific primer pair. In order to assess the potential of isolates to produce nivalenol (NIV) and deoxynivalenol (DON), we used PCR assay. Tri7 gene was detected by primer pairs Tri7F/Tri7R and MinusTri7F/MinusTri7R. Out of the 98 tested F. culmorum isolates with Tri7 PCR assays, 59 isolates were introduced as DON producers and 39 isolates introduced as NIV producers. According to our findings, DON chemotype is predominating in west Azarbayjan province. To the best of our knowledge, Chemotyping of F. culmorum isolates is reported for the first time from Iran.}, keywords = {Chemotype,Trichothecene,PCR,Tri7,West Azarbayjan}, title_fa = {واکنش زنجیره ای پلیمراز جهت بررسی پتانسیل ژنتیکی تولید داکسی‌نیوالنول و نیوالنول در جدایه‌های قارچ Fusarium culmorum گندم در استان آذربایجان غربی}, abstract_fa = {بلایــت فوزاریومی سنبــــله یکـی از مهـم­ترین بیماری­های غلات در جهان به­شــمار می­آید. قـــارچ­های Fusarium culmorum و  F. graminearum مهم­ترین عوامل ایجادکننده این بیماری می­باشند. این قارچ­ها دانه­ها را توسط مایکوتوکسین­ها آلوده نموده و منجر به کاهش کمی و کیفی محصول می­گردند. در این بررسی تعداد 98 جدایه F. culmorum جداسازی شده از مــزارع اســتان آذربایجان­غربی، با استفاده از کلیدهای شناسایی و جفت آغازگر اختصاصی گونه C51F/C51R شناسایی گردیدند. با استفاده از واکنش زنجیره­ای پلیمراز، توانایی تولید نیوالنول (NIV) و داکسی­نیوالنول (DON) توسط جدایه­های  F. culmorum مورد ارزیابی قرار گرفت. ژن Tri7 با استفاده از جفت آغازگرهای Tri7F/Tri7R و MinusTri7R/MinusTri7F مورد ردیابی قرار گرفت. با استناد به نتایج حاصل از واکنش زنجیره­ای پلیمراز، تعداد 59 جدایه به­عنوان جدایه­های دارای پتانسیل تولید تیپ شیمیایی DON و 39 جدایه به­عنوان جدایه­های دارای پتانسیل تولید تیپ شیمیایی NIV معرفی گردیدند. با توجه به یافته­های این تحقیق تیپ شیمیایی DON به­عنوان تیپ شیمیایی غالب شناسایی گردید. در این تحقیق برای اولین­بار در کشور، تیپ­های شیمیایی تولید شده توسط قارچ F. culmorum مورد بررسی قرار گرفته است.}, keywords_fa = {تیپ شیمیایی,تریکوتسین,PCR,Tri7,آذربایجان غربی}, url = {https://ab.basu.ac.ir/article_753.html}, eprint = {https://ab.basu.ac.ir/article_753_d35ba3096d7fe11c3f3e4f52c8cbfbbd.pdf} } @article { author = {mansori, Mohsen and kakaee, mehdi and abdollahi, mohammad reza and sharifi, shirin}, title = {Study of Cryopreservation in Rapeseed (Brassica napus L.) Seeds by Vitrification Method}, journal = {}, volume = {4}, number = {2}, pages = {33-39}, year = {2014}, publisher = {}, issn = {2476-6313}, eissn = {2476-566X}, doi = {}, abstract = {In this experiment, cryopreservation of rapeseed seeds (Milena and ARC-2 cultivars ) via vitrification method was carried out using two protective solutions, PVS2 and PVS3 at 5 treatment times (20, 40, 60, 80 and 100 min). The experiment was conducted as a factorial based on completely Randomized Design with three replications. The results showed significant differences (p<0.01) between different treatment times, genotypes and interactions of these two factor for germination percentage. Also, interactions of treatment times and protective solutions were significant (p<0.05) for germination percentage. Treatment of rapeseed seeds (Milena cultivar) with protective solution for 100 min showed the highest germination compared with to other treatments. Also, treatment of rapeseed seeds with PVS2 solution for 100 min and with PVS3 for 20 and 60 min showed the highest germination percentage, respectively, compared to other treatment. Concerning the trait of root length, the treatment time and genotype and their interaction showed a significant differences (p<0.01). The interaction of genotype and protective solution and also triple interaction of three factors showed significant effect (p< 0.05) on root length of rapeseed seeds. So, treatment of rapeseed seeds with PVS3 solution for 20 min produced the highest mean for root length. Different times of treatment and also, the triple interactions of genotype, kind of solution and time of treatment showed significant effects (p<0.01) on shoot length of rapeseed seeds. Treatment of rapeseed seeds (cultivar of ARC-2) with PVS3 solution created the highest shoot length compared to other treatments.}, keywords = {Rapeseed,Cryopreservation,Vitrification,Protective solution,Seed germination}, title_fa = {مطالعه حفاظت انجمادی بذور کلزا (Brassica napus L.) به روش شیشه ای شدن}, abstract_fa = {در این آزمایش، حفاظت انجمادی به ­روش شیشه­ای­شدن بذور دو ژنوتیپ کلزا به نام­های آرک-2 (ARC-2) و میلینا (Milena) با دو نوع محلول حفاظت­کنندهPVS2  و PVS3 در 5 سطح زمانی (20، 40، 60، 80 و 100 دقیقه) انجام شد. این آزمایش به­صورت فاکتوریل در قالب طرح کاملاً تصادفی با سه تکرار انجام شد. نتایج حاصل از تجزیه واریانس برای صفت درصد جوانه­زنی تفاوت­های معنی­داری را بین زمان­های مختلف تیمار بذور، ژنوتیپ­ها و اثر متقابل این دو فاکتور در سطح 1 درصد و همچنین اثر متقابل زمان تیمار با نوع محلول حفاظت­کننده در سطح احتمال 5 درصد نشان دادند. تیمار بذور کلزا رقم میلینا (Milena) با محلول­های محافظت­کننده به­مدت 100 دقیقه بیش­ترین میزان جوانه­زنی را در مقایسه با سایر تیمارها نشان داد. همچنین تیمار بذور کلزا به­مدت 100 دقیقه با محلول PVS2 و زمان­های 20 و 60 دقیقه با محلول PVS3 در مقایسه با سایر ترکیبات تیماری بیش­ترین درصد جوانه­زنی را نشان دادند. زمان­های مختلف تیمار بذور، ژنوتیپ­ها و اثر متقابل این دو تفاوت­های معنی­داری را در سطح احتمال 1 درصد و اثر متقابل ژنوتیپ در نوع محلول و اثر متقابل سه­گانه تفاوت­های معنی­داری را در سطح احتمال 5 درصد برای صفت طول ریشه­چه نشان دادند. به­طوری­که 20 دقیقه تیمار بذور کلزا رقم میلینا (Milena) با محلول حفاظت­کننده PVS3 بیش­ترین میزان طول ریشه­چه را ایجاد کرد. در ارتباط با صفت طول ساقه­چه زمان­های مختلف تیمار بذور و همچنین اثرات متقابل سه­گانه ژنوتیپ، نوع محلول و زمان تیمار در سطح 01/0 معنی­دار شدند که ترکیب تیماری 60 دقیقه تیمار بذور کلزا رقم آرک-2 (ARC-2) با محلول PVS3 بیش­ترین میزان طول ساقه­چه را در مقایسه با سایر تیمارها ایجاد کرد.}, keywords_fa = {کلزا,حفاظت انجمادی,شیشه ای شدن,محلول حفاظت کننده,جوانه زنی بذر}, url = {https://ab.basu.ac.ir/article_754.html}, eprint = {https://ab.basu.ac.ir/article_754_77f63c1c742e53084059c0fb0993f3cd.pdf} } @article { author = {kebriyaee, dina and rezadost, mohammad hossein and kordrostami, mojtaba and samizade lahiji, habib allah}, title = {Evaluation of Genetic Diversity in Rice Using Microsatellite Markers}, journal = {}, volume = {4}, number = {2}, pages = {41-48}, year = {2014}, publisher = {}, issn = {2476-6313}, eissn = {2476-566X}, doi = {}, abstract = {In order to study genetic diversity of rice germplasm, 74 rice genotypes were selected and were analyzed by using 56 SSR primer pairs. All primers were reproduced different regions of the rice genome, which 399 polymorphic alleles with an average of 7.13 were amplified in genotypes for each position of microsatellites. Markers RM16, RM3355 and RM8006 were having the largest number of alleles with 10 alleles. Polymorphism information content (PIC) values of the markers ranged from 0.56 to 0.91 with an average of 0.79 per marker. Cluster analysis placed all genotypes in four groups based on Jaccard's similarity coefficient using UPGMA method and the percent of accuracy for cluster analysis based on discriminant analysis, were 98.6%.}, keywords = {Rice,Cluster analysis,Genetic diversity,Microsatellite markers}, title_fa = {ارزیابی تنوع ژنتیکی در ارقام برنج با استفاده از نشانگرهای ریزماهواره}, abstract_fa = {به­منظور مطالعه تنوع ژنتیکی ژرم‌پلاسم، 74 ژنوتیپ برنج انتخاب شده و با استفاده از 56 جفت آغازگر SSR مورد تجزیه قرار گرفتند. تمامی آغازگرها مناطقی از ژنوم برنج‌ را تکثیر نمودند که در مجموع 399 آلل چندشکل با میانگین 13/7 آلل به ازای هر جایگاه ریزماهواره در ژنوتیپ‌ها تکثیر شد. نشانگرهای RM16، RM3355 و RM8006 با 10 آلل بیشترین تعداد آلل را دارا بودند. میزان اطلاعات چندشکلی برای نشانگرهای مورد بررسی از 56/0 تا 87/0 با میانگین 79/0 متغیر بود. تجزیه خوشه‌ای براساس ضریب تشابه جاکارد با استفاده از روش UPGMA، تمامی ژنوتیپ‌ها را در چهار گروه قرار داد و درصد صحت گروه‌بندی افراد براساس تابع تشخیص 6/98 درصد بود.}, keywords_fa = {برنج,تجزیه خوشه‌ای,تنوع ژنتیکی,نشانگر ریزماهواره}, url = {https://ab.basu.ac.ir/article_755.html}, eprint = {https://ab.basu.ac.ir/article_755_47d669f5344ca6239f4f80eaa5daace1.pdf} } @article { author = {rasouli, mousa and fatahi moghadam, mohammad reza and zamani, zabih allah and imani, ali and ebadi, ali}, title = {Identification of RAPD Marker(s) Linked to the Gene (s) Controlling Flowering Time in F1 (♀) Almond Population from Controlled Crosses of ‘Tuono’ (♂) × ‘Shahrood-12’}, journal = {}, volume = {4}, number = {2}, pages = {49-61}, year = {2014}, publisher = {}, issn = {2476-6313}, eissn = {2476-566X}, doi = {}, abstract = {In this study flowering time and some morphological traits were evaluated during two years in a F1 almond progeny of seventy two seedlings from the cross between ‘Tuono’ )intermediate flowering(and ‘Shahrood-12’)late flowering( cultivars. Modified-bulk segregant analysis with the application of the 155 RAPD primers, spanning the whole almond genome were used to identify molecular markers linked to flowering time in several selected descendants from the studied almond progeny. Results showed a quantitative inheritance of this trait in the progeny and then to all 72 progenies. The seedlings evaluated showed a wide range of flowering time between both progenitors and some of these descendants were earlier than the intermediate flowering progenitor ‘Tuono’. The results showed that BA-17600,1000, BC-05320, BC-06800, BC-141750, BC-17600, BC-20250, OPC-05850 and OPC-09700 markers were linked to late blooming and BA-04720,BB-10630,BC-092000,BD-12510andOPC-12350 were linked to early blooming time. After construction of the genetic map of population, QTL analysis was performed for flowering time. The results showed that BA-17 primer had 4 cM distance from one of the late flowering time loci. Also,the OPC-09 and BA-04 primers were located at 2 and 3 cM distances from one of the genes controlling early and late flowering time, respectively.Identification of genetic markers linked to blooming time in almond are very important, because utilization of these markers will help the indirect selection of genotypes for desirable bloom time in early generation to saving time and effort. According to the obtained results, with the development of these markers, the strategies of marker assisted selection can be used in breeding programs of almond, apricot, peach and other Prunus species. }, keywords = {Prunus dulcis,Flowering time,Genetic mapping,QTL,BSA,Marker-assisted selection}, title_fa = {شناسایی نشانگر(های) RAPD پیوسته به ژن(های) کنترل کننده زمان گلدهی در جمعیت 1F بادام حاصل از تلاقی کنترل شده (♂) تونو × (♀) شاهرود 12}, abstract_fa = {در این تحقیق زمان گلدهی و برخی صفات مورفولوژیکی به­مدت دو سال در جمعیت 1F شامل 72 نتاج حاصل از تلاقی رقم­های ’تونو ‘(میان گل) و ’شاهرود 12 ‘دیرگل مورد ارزیابی قرار گرفت. در این تحقیق برای شناسایی نشانگرهای همبسته با ژن زمان گلدهی، از روش تجزیه تفرق توده­ای با استفاده از 150 آغازگر RAPD در توده انتخاب شده و نهایتاً کل جمعیت مورد بررسی، استفاده شد. نتایج تأیید کرد که توارث زمان گلدهی در نتاج ارزیابی شده به­صورت کمی می­باشد. زمان گلدهی در نتایج محدوده وسیعی را نسبت به والدین نشان دادند، هرچند که برخی از نتاج زودتر از والد میان گل ’تونو‘ به گل رفتند. نتایج نشان داد که نشانگرهای BA-17600,1000،BC-05320 ،BC-06800 ، BC-141750، BC-17600،BC-20250 ، OPC-05850 و OPC-09700,1100 با دیرگلدهی و BA-04720، BB-10630، BC-092000، BD-12510 و OPC-12350 با زودگلدهی در ارتباط بودند. پس از تهیه نقشه ژنتیکی جمعیت مورد بررسی، تجزیه QTL برای زمان گلدهی انجام شد. نتایج نشان داد که آغازگر BA-17به­میزان 4 سانتی­مورگان با یکی از مکان­های ژنی کنترل­کننده دیرگلدهی فاصله دارد. همچنین آغازگرهای OPC-09 و BA-04 به­ترتیب در فاصله 2 و 3 سانتی­مورگان از یکی از ژن­های کنترل­کننده دیرگلدهی و زودگلدهی قرار گرفتند. نشانگرهای ژنتیکی پیوسته با زمان گلدهی در بادام بسیار مهم می­باشد چرا که استفاده از این نشانگرها در جهت انتخاب مستقیم برای شناسایی واریته­های مناسب از نظر زمان گلدهی از بین ژنوتیپ­های زودگل موجب صرفه­جویی در زمان و هزینه می­گردد. }, keywords_fa = {بادام,زمان گلدهی,تجزیه تفرق توده ای,نقشه ژنتیکی,QTL,انتخاب به کمک نشانگر همراه}, url = {https://ab.basu.ac.ir/article_756.html}, eprint = {https://ab.basu.ac.ir/article_756_1bdd8251964450ed633a05590a55513e.pdf} } @article { author = {eyvaznezhad ha, nader and darvishzadeh, reza and bernosi, iraj and moghadam, mohammd and hadi, hashem and rahimi, mahdi}, title = {Mapping Genes Controlling Seed Yield and Traits Associated with Seed Characteristics in Sunflower (Helianthus annuus L.) Genome}, journal = {}, volume = {4}, number = {2}, pages = {63-72}, year = {2014}, publisher = {}, issn = {2476-6313}, eissn = {2476-566X}, doi = {}, abstract = {One of the new methods in cultivar development is identification of DNA markers associated with genes controlling traits in order to use in marker assisted selection. In the present work, in order to identify QTLs associated with grain yield per plant andseed characteristics traits such as whole seed length, whole seed width, whole seed diameter, 100- whole seed weight, percentage of seed hull anddehulled kernel in sunflower, 70 recombinant inbred lines (RILs) from the crossbetween PAC2 × RHA266 together with their parents were evaluated in a rectangular8´9 lattice design with two replications. Analysis of variance revealed significant differences among genotypes for all studied traits. QTL-mapping was performed using a recently developed map with 210 SSRs and 11 SNPs with a mean density of 1 marker per 7.44cM. 31 QTLs were detected for the studied traits. 54 percent of identified QTLs were co-localized. The percentage of phenotypic variance (R2) explained by QTLs ranged from 0.05 to 64.13%. The SSR markers ORS169 encompassing the QTLs for grain yield per plant and whole seed diameter could be good candidates for marker assisted selection.}, keywords = {Oily sunflower,Recombinant inbred lines,Linkage map,QTL identification}, title_fa = {مکان یابی ژن های کنترل کننده عملکرد دانه و صفات مرتبط با خصوصیات دانه در ژنوم آفتابگردان}, abstract_fa = {یکی از روش­های نوین برای اصلاح گیاهان و تولید ارقام جدید مشخص­نمودن ژن­های کنترل­کننده صفات کمی با استفاده از نشانگرهایDNA  به­منظور استفاده در گزینش به­کمک نشانگر است. در این مطالعه،جمعیت ژنتیکی شامل 70 لاین خویش آمیخته نوترکیب حاصل از تلاقی لاین PAC2 (والد مادری) و لاین RH266 (والد پدری) با هدف شناسایی مکان­های ژنی (QTLهای) مرتبط با عملکرد دانه و صفات مرتبط با خصوصیات دانه از قبیل طول، عرض و قطر دانه، وزن صد دانه و درصد پوسته و درصد مغز دانه در آفتابگردان، در قالب طرح لاتیس مستطیل در دو تکرار کشت گردیدند. نتایج تجزیه واریانس طرح لاتیس اختلاف معنی­دار بین ژنوتیپ­ها برای تمامی صفات مورد مطالعه نشان داد. برای شناسایی QTLها، از یک نقشه پیوستگی با 210 نشانگر SSR و 11 نشانگرSNP  با درجه اشباع یک نشانگر در 44/7 سانتی­مورگان استفاده شد. نتایج مکان­یابی ژنی نشان داد که 31 QTL در کنترل ژنتیکی صفات مورد مطالعه نقش دارند. 54 درصد QTLهای شناسایی شده برای صفات مورد بررسی هم مکان بودند. درصد تغییرات فنوتیپی توجیه­شده توسط QTLهای شناسایی شده بین 05/0 الی 13/64 درصد متغیر بود. نشانگر ORS169 با ژن­های کنترل­کننده عملکرد تک­بوته و قطر دانه پیوسته بود. شناسایی QTLهای هم مکان می­تواند باعث افزایش کارآیی انتخاب به­کمک نشانگر و پیشبرد برنامه­های اصلاحی شود.}, keywords_fa = {آفتابگردان روغنی,لاین‌های خویش آمیخته نوترکیب,نقشه پیوستگی,شناسایی QTL}, url = {https://ab.basu.ac.ir/article_757.html}, eprint = {https://ab.basu.ac.ir/article_757_b9d807403b3aeb79face570188952ab1.pdf} } @article { author = {valizade kaji, babak and ershadi, ahmad and tohidfar, masoud}, title = {In Vitro Propagation of Pomegranate (Punica granatum) cv. Rabab Neyriz Using Nodal Segments}, journal = {}, volume = {4}, number = {2}, pages = {73-79}, year = {2014}, publisher = {}, issn = {2476-6313}, eissn = {2476-566X}, doi = {}, abstract = {In this study, an efficient in vitro propagation method is described for Punica granatum cultivar ‘Rabab Neyriz’. The influence of two basal medium, WPM and MS, and different plant growth regulators was investigated on micropropagation of this cultivar. For proliferation stage, media supplemented with different concentrations (2.3, 4.7, 9.2 and 18.4 μM) of kinetin along with 0.54 μM NAA was used. On base of proliferation, WPM proved to be more efficient medium compared to MS. The best concentration of kinetin was 9.2 μM resulting in the highest shoot length (3.93 cm), leaf number (10.71) and node number (4). Half-strength WPM medium supplemented with 5.4 μM NAA was most effective for rooting of shoots. Rooted plantlets were successfully acclimatized and transferred into soil. The micropropagated plants were morphologically uniform and exhibited similar growth characteristics and vegetative morphology to the mother plants. }, keywords = {Pomegranate,In vitro propagation,Hormone}, title_fa = {تکثیر درون شیشه‏ ای انار رقم رباب نیریز با استفاده از قطعات گره‏ای ساقه}, abstract_fa = {در این تحقیق، یک روش سریع و کارآمد برای تکثیر درون­شیشه‏ای انار رقم رباب نیریز شرح داده می‏شود. اثر دو محیط­کشت WPM و MS، و تنظیم­کننده‏های رشد مختلف در ریزازدیادی این رقم بررسی شد. برای مرحله پرآوری، محیط­کشت دارای غلظت‏های مختلف کینتین (3/2، 7/4، 2/9 و 4/18 میکرومولار) همراه با 54/0 میکرومولار نفتالین استیک­اسید استفاده گردید. از نظر پرآوری، محیط­کشت WPM در مقایسه با MS کارآمدتر تشخیص داده شد. بهترین غلظت کینتین 2/9 میکرومولار بود که منجر به بیش­ترین طول شاخساره (93/3 سانتی­متر)، تعداد برگ (71/10) و تعداد گره (4) در ریزنمونه‏ها شد. محیط نصف غلظت WPM حاوی 4/5 میکرومولار NAA مؤثرترین محیط برای ریشه­زایی شاخساره‏ها بود. گیاهان ریشه­دار شده به­طور موفقیت­آمیزی سازگاری تدریجی شده و به خاک منتقل گردیدند. گیاهان ریز ازدیادی یافته از نظر مرفولوژیکی شبیه به هم بوده و صفات رویشی مشابه با گیاهان مادری نشان دادند.}, keywords_fa = {انار,تکثیر درون شیشه ‏ای,هورمون}, url = {https://ab.basu.ac.ir/article_758.html}, eprint = {https://ab.basu.ac.ir/article_758_4f8ad1c44b98ddbb43700b853789dd0e.pdf} } @article { author = {ghanad sabzevari, Alireza and hoseini, ramin}, title = {cDNA Cloning and Investigating Gene Expression, Physicochemical Characteristics and Functional Structures of β-galactosidase Enzymes of Tomato Fruit (Lycopersicum esculentum cv. Falcato)}, journal = {}, volume = {4}, number = {2}, pages = {81-92}, year = {2014}, publisher = {}, issn = {2476-6313}, eissn = {2476-566X}, doi = {}, abstract = {β-galactosidases participate in many processes related to plant development and are introduced as the key enzymes in the ripening-related softening of fleshy fruits. In this study, six full-length cDNAs encoding β-galactosidase enzymes (called STBG2-7) are cloned from the tomato fruit tissue of Falcato cultivar, and their expression levels and amino acid sequences are investigated. Also, the expression levels and amino acid sequences deduced from these isoforms are compared to their corresponding isoforms in Rutgers cultivar, and differences are studied and discussed. In the follow-up, by alignment of the protein sequences of STBG2-7, two highly-conserved and less-conserved halves are identified in these enzymes, and on the basis of the characteristics of the less-conserved halves and the recent experimental findings, it is suggested that the differential functions of these isoforms are related to these less-conserved halves.  }, keywords = {RT-PCR,Semi-quantitative PCR,Lectin domain,Protein}, title_fa = {همسانه سازی cDNA و بررسی بیان ژن، خصوصیات فیزیک و شیمیایی و ساختارهای عملکردی آنزیم های بتاگالاکتوزیداز در میوه گوجه فرنگی}, abstract_fa = {بتاگالاکتوزیدازها در بسیاری از فرآیندهای مرتبط با رشدونمو گیاه شرکت نموده و به­عنوان آنزیم­های کلیدی در نرمی وابسته به رسیدگی میوه­های گوشتی معرفی شده­اند. در این مطالعه، طول کامل ششcDNA ی رمزکننده آنزیم­های بتاگالاکتوزیداز (نام­گذاری شده STBG2-7) از بافت میوه گوجه­فرنگی رقم فالکاتو (Falcato) همسانه­سازی و سطوح بیان و توالی اسیدآمینه مربوط به آنها بررسی گردیدند. با هم­ردیفی توالی­های پروتئینی منتج از STBG2-7، دو نیمه بسیار حفاظت­شده و کم حفاظت­شده در این آنزیم­ها شناسایی گردیده و براساس خصوصیات نیمه­های کم حفاظت­شده و یافته­های آزمایش­های اخیر پیشنهاد گردید که عملکردهای افتراقی این آیزوفرم­ها مرتبط با این نیمه­های کم حفاظت­شده می­باشند، که این نیمه­های کم حفاظت­شده با زیرواحدهای کوچک بتاگالاکتوزیدازهای هترودایمر متناظر می­باشند و با دو باقیمانده Trp و Glu کاملاً حفاظت­شده آغاز می­گردند.}, keywords_fa = {RT-PCR,PCR نیمه کمی,تکنیک RACE,دمین لکتین,پروتئین}, url = {https://ab.basu.ac.ir/article_759.html}, eprint = {https://ab.basu.ac.ir/article_759_fd11b9ae9ffeab956a9cf50176b28199.pdf} }