@article { author = {Mehrban, Hosein and Nejati javaromi, Ardashir and Miraei Ashtiani, S.Reza and Mehrbani Yeganeh, Hasan}, title = {Simulation of Base (Historical) Population and Determining Accuracy of Linkage Disequilibrium in Genomic Simulated Studies}, journal = {}, volume = {5}, number = {2}, pages = {45-51}, year = {2015}, publisher = {}, issn = {2476-6313}, eissn = {2476-566X}, doi = {}, abstract = {To investigate accuracy of linkage disequilibrium (LD) in genomic simulation studies a base population was simulated in two statuses LD with values of zero and one in first generation. Effective population size, LD and variance of markers frequency were used for determination of simulation accuracy. The results showed a high correlation between actual and expected effective population sizes. Also observed and expected LD’s were nearly similar and the given trend was improved with increasing effective population size. In addition, the variances of the observed and expected free recombination markers frequency were adapted with each other. According to the evaluated criteria the base population was accurately simulated which it could be used to generate the reference population.  Based on the results, we suggest that proposed criteria should be used to verify the simulation after creating of historical population in genomic simulated studies.  }, keywords = {Accuracy of simulation,Linkage disequilibrium,Variance of markers,Effective population size}, title_fa = {شبیه‌سازی جمعیت اولیه (تاریخی) و تعیین صحت عدم‌تعادل پیوستگی در مطالعات شبیه‌سازی ژنومی}, abstract_fa = {     جهت بررسی صحت عدم­تعادل پیوستگی در مطالعات شبیه­سازی ژنومی، جمعیتی در دو حالت عدم­تعادل پیوستگی صفر و یک در نسل اول شبیه‌سازی شد. از معیارهای اندازه مؤثر جمعیت، میزان عدم­تعادل پیوستگی و واریانس بین نشانگرها جهت تعیین صحت شبیه­سازی استفاده شد. نتایج نشان‌دهنده همبستگی بالا بین اندازه مؤثر جمعیت مشاهده شده و مورد انتظار بود. همچنین میزان عدم­تعادل پیوستگی مشاهده شده و مورد انتظار بر هم منطبق شدند و چنین روندی با افزایش اندازه جمعیت مؤثر وضعیت مطلوب‌تری پیدا کرد. به­علاوه میزان واریانس مشاهده شده و مورد انتظار بین نشانگرها در حالت نوترکیبی آزاد نیز بر یکدیگر منطبق شدند. با توجه به معیارهای مورد بررسی می‌توان گفت که جمعیت اولیه به درستی شبیه­سازی شده است و می­توان از آن برای توسعه جمعیت مرجع استفاده کرد. با توجه به نتایج به­دست آمده پیشنهاد می­شود در مطالعات شبیه­سازی ژنومی پس از تشکیل جمعیت اولیه از معیارهای ارائه داده شده جهت بررسی صحت شبیه­سازی استفاده شود.}, keywords_fa = {صحت شبیه‌سازی,عدم‌تعادل پیوستگی,واریانس بین نشانگرها,اندازه مؤثر جمعیت}, url = {https://ab.basu.ac.ir/article_1090.html}, eprint = {https://ab.basu.ac.ir/article_1090_49f29f71bad89c381238a86d4a0add72.pdf} }