per
دانشگاه بوعلی سینا
دوفصلنامه فن آوری زیستی در کشاورزی(علمی-پژوهشی)
2476-6313
2476-566X
2018-05-22
9
1
1
10
10.22084/ab.2018.12901.1336
3171
Research Paper
ارزیابی توان بیوکنترل و کلنیزاسیون جدایههای تریکودرما بهینهسازی مولکولی شده در برابر بیماری رایزوکتونیایی لوبیا
Evaluation of Bio-control and Colonization Potential of Molecular Improved Trichoderma Strains Against Rhizoctonia Diseases of Bean
سحر محمودیان
saharmm15@yahoo.com
1
محمدرضا زمانی
zamani@nigeb.ac.ir
2
مژگان کوثری
kowsari@abrii.ac.ir
3
مصطفی مطلبی
motalebi@nigeb.ac.ir
4
عصمت جورابچی
5
دانشجوی کارشناسیارشد، بخش بیوتکنولوژی گیاهی، پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری، تهران، ایران
استاد بخش بیوتکنولوژی گیاهی، پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری، تهران، ایران
استادیار بخش بیوتکنولوژی میکروبی، پژوهشگاه بیوتکنولوژی کشاورزی ایران، سازمان تحقیقات، ترویج و آموزش کشاورزی، کرج، ایران
استاد بخش بیوتکنولوژی گیاهی، پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری، تهران، ایران
کارشناس ارشد بخش بیوتکنولوژی گیاهی، پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری، تهران، ایران
کنترل بیولوژیک یکی از راهکارهای مؤثر کنترل بیماریهای گیاهی و عاملی برای کاهش مصرف سموم شیمیایی است. قارچ تریکودرما با داشتن خاصیت ضدیتی علیه بسیاری از قارچهای بیماریزای گیاهی از موفقترین عوامل کنترل بیولوژیکی محسوب میشود. توان بیوکنترلی این قارچ، با میزان تجزیه آنزیمی دیواره سلولی پاتوژن، ارتباط مستقیم دارد. در پروژه قبلی نویسندگان به کمک مهندسی پروتئین، کیتیناز کایمر 42 ساخته شد و پروتئین نوترکیب حاصل به قارچ T. harzianumانتقال یافت. در تحقیق حاضر توان بیوکنترلی و کلنیزاسیون جدایههای مهندسی شده در برابر پاتوژن R. solaniدر شرایط آزمایشگاه و گلخانه بر روی گیاه لوبیا ارزیابی شدند. پس از تأیید مولکولی، حضور و ثبات قطعات مهندسی شده در ریسه قارچهای مهندسی شده بعد از گذشت دو سال، بررسی توان بیوکنترلی در کشت متقابل تریکودرما و پاتوژن انجام شد. یافتهها نشان داد که جدایه Chit42- ChBD3 با 82/53 درصد بازدارندگی بیشتر نسبت به کنترل، بهترین بیوکنترل در شرایط In vitro بوده است. طبق نتایج بهدست آمده از آزمایش گلخانهای گیاهان تیمار شده با پاتوژن، جدایههای مهندسی شده Chit42- ChBD3، Chit42- ChBD7 و Chit42- ChBD15 در تمامی مراحل مختلف اندازهگیری (دو برگی، اواسط دوره رویشی، اوایل مرحله زایشی و در مرحله برداشت) علایم بیماری کمتراز 40 درصد را نشان دادند. کلنیزاسیون سطحی ریشه و همچنین نفوذ ریسه قارچ به فضای بین سلولی اپیدرم ریشه لوبیا بهوسیله مطالعات مولکولی با استفاده از آغازگرهای PF1/R3xba1 مورد تائید قرار گرفت.
Biological control of plant diseases is one of the effective strategies to reduce harm effects of pesticides on human health and environment. T. harzianum is one of the most successful biological control agents which have antagonistic activity against many of pathogenic fungi. Biocontrol activity of T. harzianum is linked to the amount and type of hydrolase enzymes. In the authors' previous work, chimeric chitinase was constructed by protein engineering and the recombinant protein was transferred to the T. harzianum. In the present study, the biocontrol activity and colonization of improved isolates were evaluated on bean plant and its pathogen (Rhizoctonia solani) in laboratory and greenhouse. The presence and stability of the chimeric protein was confirmed by molecular technique, after that biocontrol assay was done in dual culture method. The results showed that T3 with 82/53 percent inhibition compared to control, was the best biocontrol in invitro. According to the results of greenhouse tests, plants that were treated with T7, T3 and T15 in all stages of measurement (two leaf, mid-term growth, early reproductive stage and harvest stage) showed symptoms less than 40%. Root surface colonization and fungal hyphae penetration was confirmed by molecular studies using primers PF1/R3xba1.
https://ab.basu.ac.ir/article_3171_06146d195263a495caadab7c6b28da32.pdf
تریکودرما
کیتیناز کایمر
آنتاگونیسم
مهندسی پروتئین
پاتوژن
Trichoderma
Chimeric chitinase
Antagonism
Protein engineering
Pathogen
per
دانشگاه بوعلی سینا
دوفصلنامه فن آوری زیستی در کشاورزی(علمی-پژوهشی)
2476-6313
2476-566X
2018-05-22
9
1
11
22
10.22084/ab.2018.14382.1358
3172
research
کاربرد الکتروفورز دوبعدی در شناسایی منابع مقاومت و حساسیت بیماری زنگ زرد (Puccinia striiformis f. sp. tritici West.) در گندم نان (.Triticum aestivum L)
Application of Two-dimensional Electrophoresis to Identify the Resistance and Sensitivity Sources of Yellow Rust Disease (Puccinia striiformis f. sp. tritici West.) in Bread Wheat )Triticum aestivum L.(
مهدی کاکایی
mehdikakaei37@gmail.com
1
استادیار اصلاحنباتات بخش کشاورزی، دانشگاه پیامنور، تهران، ایران
بیماری زنگ زرد گندم ازجمله تنشهای زیستی است که همهساله کشاورزان زیادی را متحمل خسارت مینماید. مطالعه حاضر برای بررسی پاسخ پروتئینی گیاه گندم در حضور و عدم حضور بیماری زنگ زرد با کمک روش الکتروفورز دوبعدی صورت پذیرفت. شاخصهای مقاومت نسبی شامل تیپ آلودگی، شدت بیماری، ضریب آلودگی، سطح زیر منحنی توسعه بیماری و نرخ آلودگی ظاهری ازجمله شاخصهایی هستند که برای شناسایی مقاومت یا حساسیت ارقام مختلف مورد استفاده قرار میگیرند در این مطالعه، ابتدا شاخصهای مذکور برای 14 رقم گندم نان طی سه قرائت 7 روزه بهدست آمدند. ارقام با استفاده از تجزیه خوشهای مبتنی بر شاخصهای مقاومت، به سه گروه حساس، مقاوم و نیمهمقاوم تقسیم، دو رقم پیشگام و شهریار بهترتیب بهعنوان مقاومترین و حساسترین ارقام شناخته شدند. تغییرات در الگوی بیان پروتئینها با استفاده از روش الکتروفورز دوبعدی در دو رقم مذکور موردبررسی قرار گرفت. نتایج حاصل از تجزیه آماری نشان داد، که از مجموع 442 لکه پروتئینی تکرارپذیر، 27 لکه پروتئینی، تغییر بیان نشان دادند. از کل پروتئینهای دارای تغییر بیان معنیدار، 17 لکه دچار افزایش بیان و 10 لکه دچار کاهش بیان شدند. بهطورکلی، نتایج بهدست آمده از این مطالعه نشان داد که تفاوت در الگوی پروتئوم دو رقم مقاوم و حساس گندم میتواند تغییر در میزان بیان آنزیمها و پروتئینهای درگیر در مقاومت را نشان دهد.
Yellow rust is one of the major diseases of wheat that suffers a loss many farmers. The purpose of the current study, was determining the wheat proteome response to presence and non-presence of yellow rust disease using Two-dimensional gel electrophoresis. Relative resistance indices including infection type, severity of disease, contamination coefficient, surface under the disease development curve and apparent contamination rates are indicators that are used to identify the resistance or sensitivity of different cultivars. In this study, firstly these indicators studied for 14 bread wheat cultivars was obtained during three 7-day readings. The studied wheat cultivars were classified into three susceptible, resistant and semi-resistant groups using cluster analysis based on resistance indices. Accordingly, two Pishgam and Shahriar cultivars were identified as the most resistant and sensitive cultivars, respectively. Changes in the pattern of expression of proteins in two resistant (Pishgam) and susceptible (Shahriyar) cultivars by tow dimensional electrophoresis of were investigated. The results of statistical analysis showed that 27 protein spots out of 442 repeated protein spots showed a change in expression. Significant changes in total proteins, 17 spots, increased expression, and 10 spots decreased expression. In general, the results of this study showed that the difference in proteome pattern of two resistant and susceptible wheat cultivars to yellow rust could indicate a change in the expression of the enzymes and proteins involved in resistance, and possibility to resist pathogenic agents.
https://ab.basu.ac.ir/article_3172_11eda29f54b65d75d7b537d1d5460fc2.pdf
پروتئین محلول
بیماری
حساسیت
مقاومت نسبی
Solution protein
Disease
Susceptible
Relative resistance
per
دانشگاه بوعلی سینا
دوفصلنامه فن آوری زیستی در کشاورزی(علمی-پژوهشی)
2476-6313
2476-566X
2018-05-22
9
1
23
33
10.22084/ab.2017.13899.1348
3173
Research Paper
بهینهسازی متغیرهای انتقال ژن توسط تفنگ ژنی با انتقال ژن کدکنندهی موتانسوکراز (gtfI) به نیشکر
Optimization of Biolistic-mediated Gene Transfer Parameters by Transferring Mutansucrase (gtfI) Coding Gene in Sugarcane
مریم احمدی
maryam.ahmadi1388@yahoo.com
1
فرهاد نظریان فیروزآبادی
nazarian.f@lu.ac.ir
2
احمد اسماعیلی
ahmad_ismaili@yahoo.com
3
بیژن باجلان
bajelan.b@lu.ac.ir
4
دانشجوی دکتری، گروه زراعت و اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی، دانشگاه لرستان، خرمآباد، ایران
استاد، گروه زراعت و اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی، دانشگاه لرستان، خرمآباد، ایران
دانشیار و مربی گروه زراعت و اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی، دانشگاه لرستان، خرمآباد، ایران
مربی گروه زراعت و اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی، دانشگاه لرستان، خرمآباد، ایران
نیشکر (Saccharum officinarum) مهمترین گیاه صنعتی تولیدکنندهی ساکارز در دنیا میباشد. کشت بافت و تراریختی این گیاه با چالشهایی مواجه است که نیازمند بهینهسازی است. در این تحقیق، ژن کدکنندهی موتانسوکراز (gtfI) از باکتری Streptococcus downei جداسازی، همسانهسازی و به نیشکر انتقال داده شد. در روش تفنگ ژنی فاصله 9 سانتیمتر پرتاب ژن از ریزنمونه نسبت به فاصله 12 سانتیمتر بهتر و اختلاف معنیداری (P≤0.01) را نشان داد. همچنین استفاده از ترکیب سوربیتول و مانیتول برای حفظ فشار اسمزی کالوسها درصد تراریختی را بهطور معنیداری (P≤0.01) بالا برد. ترکیب هورمونی IBA و NAA بهترین کارآیی را در ریشهدار کردن گیاهان تراریخت نشان داد. تجزیه قند گیاهان تراریخت حاصل از دو مرحله زیرکشت، نشان داد که میانگین پارامتر پل (میزان ساکارز) در هر دو لاین تراریخت نسبت به شاهدهای مربوطه با کاهش قابل ملاحظهای در حدود 30 درصد همراه بود. این موضوع نشان میدهد که آنزیم موتانسوکراز به خوبی در لاینهای تراریخت نیشکر بیان شده و توانسته است این میزان قند را مصرف کند.
Sugarcane (Saccharum officinarum) is the most important industrial sugar producing plant. Both tissue culture practices and transformation are challenging and need to be optimized. A gene encoding a mutansucrase (gtfI) enzyme from Streptococcus downei bacterium was isolated and cloned in a binary expression vector and transferred to sugarcane cultivars, using gene gun and Agrobacterium-mediated transformation. Results of this study showed that Agrobacterium was not able to deliver gtfI gene to sugarcane plants cells, whereas Biolistic gene transfer was successful and resulted in almost 25.7% transformation efficiency. Distance between explant and rupture disc carrying gtfI construct had a significant effect on transformation efficiency with 9cm distance producing the higher number of transformants than 12 cm distance. A combination of sorbitol and mannitol osmoticums showed a profound effect on transformation efficiency. Furthermore, a combination of IBA and NAA auxins had a significant effect on root regeneration. Interestingly, mutansucrase was found active in transgenic sugarcane lines utilizing sucrose by almost 33%. Detailed sugar analysis of a few transgenic sugarcane plants revealed that transgenic plants had a significant lower sucrose (lower pol%) content than untransformed control plants.
https://ab.basu.ac.ir/article_3173_f0908caaf3a8672cb9d843f7dc8c202d.pdf
تجزیه قند
تراریختی
نیشکر
انتقال ژن
گلیکوزیل ترانسفراز
Sugar analysis
transformation
Sugarcane
Gene transfer
Glycosyltransferase
per
دانشگاه بوعلی سینا
دوفصلنامه فن آوری زیستی در کشاورزی(علمی-پژوهشی)
2476-6313
2476-566X
2018-05-22
9
1
35
44
10.22084/ab.2018.7877.1249
3174
research
بررسی تأثیر آنزیمهای سلولاز جدایههای جهشیافته قارچ Trichoderma harzianum و viride T. بر تجزیه زیستی سلولز Iα، Iβ و III
Investigating of the Influence of Cellulase Enzymes from Mutated Isolates of Trichoderma harzianum and T. viride on Biodegradation of Cellulose Iα, Iβ and III
سمیرا شهبازی
sshahbazi@aeoi.org.ir
1
حامد عسکری
2
استادیار، گروه گیاهپزشکی و نگهداری مواد غذایی، پژوهشکده کشاورزی هستهای، پژوهشگاه علوم و فنون هستهای، سازمان انرژی اتمی ایران، کرج، ایران
کارشناسیارشد، گروه گیاهپزشکی و نگهداری مواد غذایی، پژوهشکده کشاورزی هستهای، پژوهشگاه علوم و فنون هستهای، سازمان انرژی اتمی ایران، کرج، ایران
در این مطالعه، تولید آنزیم سلولاز و پروتئین خارج سلولی دو گونه از قارچ تریکودرما (Trichoderma harzianum و T. viride) و جهشیافتههای آنها بررسی شد. سنجش فعالیت آنزیم سلولاز با استفاده ازآویسل، کربوکسی متیل سلولز(III)، کاغذ صافی واتمن شماره 1 و سلولز باکتریایی (Iα) انجام شد. خصوصیات ساختار شیمیایی این ترکیبات با استفاده از اسپکتروسکوپی مادونقرمز تبدیل فوریه (FT-IR)، پراش اشعه ایکس(XRD) و میکروسکوپ الکترونی روبشی(SEM) بررسی شد. تصاویر میکروسکوپ الکترونی نشان داد که سلولز باکتریایی ساختار فیبری ظریفتری در مقایسه با آویسل و کربوکسی متیل سلولز دارد. نسبت ضخامت فیبر سلولز باکتریایی در مقایسه با آویسل تقریباً 1 به 30 بود. ارزیابیهای اسپکتروسکوپی مادونقرمز و پراش اشعه ایکس نشان داد که CMC حاوی گروههای کربوکسیلیک بر روی ساختار خود است و کریستالیزاسیون آن 84/81% میباشد. کریستالیزاسیون آویسل و سلولز باکتریایی نشان داد که شاخص کریستالیزاسیون آویسل (15/89%) بیشتر از سلولز باکتریایی (44/66%) میباشد. هر دو گونه و جهشیافتههای آنها مقادیر مختلفی از پروتئین خارج سلولی را در محیط تخمیر تولید کردند. در جدایههای T.harzianum بالاترین میزان فعالیت آنزیم سلولاز بهترتیب در جدایههای جهشیافته Th M7 و Th M6 و در جدایههای T. viride بالاترین فعالیت آنزیمی بهترتیب در جدایههای جهشیافته Tv M14، Tv M15 مشاهده گردید. اندازهگیری فعالیت آنزیمی با استفاده از سلولز باکتریایی مقادیر بالاتری از فعالیت را در مقایسه با سوبستراهای آویسل و کاغذ صافی نشان داد که این امر نشانه قابلیت دسترسی بالای سلولز باکتریایی یا سلولز Iα برای تجزیه زیستی در مقایسه با آویسل یا سلولز Iβ میباشد.
In this research,two strain of Trichoderma (T. harzianum and T. viride) and their mutants were used for cellulase enzyme production. The Avicel, CMC(III), Bacterial Cellulose (Iα) and Whatman NO.1 filter paper, were used for cellulase activity assay. Their chemical structural properties were investigated by FT-IR, XRD and SEM compared to Avicel. The molecular weight of cellulase enzymes were studied using SDS-PAGE. The SEM image of substrates, showed more delicacy of BC fibers relative to Avicel and CMC. The diameter ratio of BC to Avicel is approximately 1/30 or less. The FTIR spectroscopy and XRD assessments designated that the produced CMC is carrying a carboxylic group and its crystallinity is 81.84. The crystallinity of the Avicel and BC were demonstrated that the crystallinity index of Avicel (89.15%) was more than that of bacterial cellulose (66.44%). Both species and their mutants produced varying amounts of extracellular proteins in the fermentation medium. In T. harzianum and its mutants, the highest cellulase enzyme activity were showed in Th M7 and Th M6, respectively and in T. viride and its mutants, the highest enzymatic activity of mutant strains was observed in Tv M14, Tv M15, respectively. The results showed that bacterial cellulose is a good substrate for total cellulase activity assay, because it has the highest enzyme activity compared to filter paper and avicel; so it signs a high potential of accessibility for cellulose Iα biodegradability compared to cellulose Iβ.
https://ab.basu.ac.ir/article_3174_e41648a2b0c687f3051d661c6360817b.pdf
کریستالیزاسیون
آویسل
سلولز باکتریایی
آنزیم سلولاز
موتانت
Crystallinity
Avicel
Bactrial cellulose
Cellulase enzyme
Mutant
per
دانشگاه بوعلی سینا
دوفصلنامه فن آوری زیستی در کشاورزی(علمی-پژوهشی)
2476-6313
2476-566X
2018-05-22
9
1
45
53
10.22084/ab.2017.13547.1344
3175
research
تأثیر الیسیتورهای زیستی بر تولید آلکالوئیدها در سوسپانسیون سلولی گیاه پروانش (Catharanthus roseus)
Effect of Biotic Elicitors on Alkaloids Production in Catharanthus roseus Cell Suspension Cultures
اکرم رمضانی
ramezani1991@yahoo.com
1
رحیم حداد
r.haddad@eng.ikiu.ac.ir
2
بهنام صداقتی
behnam.sedaghati@yahoo.com
3
دانشجوی کارشناسیارشد، گروه بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه بینالمللی امام خمینی (ره)، قزوین، ایران
دانشیار، گروه بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه بینالمللی امام خمینی (ره)، قزوین
دانشجوی دکتری، گروه بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه بینالمللی امام خمینی (ره)، قزوین، ایران
پروانش (Catharanthus roseus) گیاهی دارویی است که بهدلیل تولید آلکالوئیدهای فراوان ازجمله داروهای ضدسرطان وینکریستین و وینبلاستین اهمیت دارد. وینکریستین و وینبلاستین ازجمله مهمترین داروها در درمان سرطان میباشند ولی بااینحال عملکرد این دو ترکیب بهطور نسبی پایین و مقدار تقریبی آنها در گیاه 0005/0 درصد است. با توجه به قیمت بالای این ترکیبات و مقادیر اندک آنها در این گیاه، تلاش در جهت افزایش تولید این ترکیبات، منجر به تحقیقات وسیع روی این گیاه شده است. در این تحقیق جهت بررسی تأثیر عصارههای قارچی و زمان بر میزان تولید آلکالوئیدها در سوسپانسیون سلولی گیاه پروانش، آزمایشی بهصورت فاکتوریل در قالب طرح کاملاً تصادفی با سه تکرار انجام شد. بهاین منظور بعد از تهیه سوسپانسیون سلولی، عصاره قارچهای Priformospora indica، Trichoderma tomentosum و ترکیب عصارههای قارچی p. indicaو T. tomentosum با غلظت 1% حجمی- حجمی به سوسپانسیون سلولی اضافه شد. نمونهبرداری در زمانهای صفر، 24، 48 و 72 ساعت بعد از اعمال تیمار انجام شد و میزان آلکالوئیدهای وینبلاستین و وینکریستین با استفاده از HPLC اندازهگیری شد. نتایج آزمایش نشان داد که هر سه عصارههای قـارچی P. indica، T. tomentosum و مخلوط هر دو عصاره قارچی (P+T) باعث افزایش میزان تولید وینبلاستین نسبت به شاهد شد و بیشترین تأثیر مربوط به عصاره قارچ T. tomentosum بود. مقایسه میانگین میزان وینکریستین بین عصارههای قارچی نشان داد که بیشترین میزان وینکریستین در نمونه شاهد بود و عصارههای قارچی باعث کاهش میزان وینکریستین شد.
Catharanthus roseus is a medicinal plantthat is important because of production of many alkaloids, including anticancer drugs, Vincristine and Vinblastine. Vincristine and Vinblastine are among the most important drugs for cancer treatment, but the performance of these two compounds is relatively low and the approximate amount of them in the plant is 0.0005%. Due to the high price of these compounds and small amount in this plant, efforts to increase the production of these compounds have led to extensive researches on this plant. In this experiment to study the effect of fungal extracts and time of the alkaloids production in Catharanthus roseuse cell suspension culture, test factorial randomized complete block designed with three replications. For this purpose, after preparation of cell suspensions, extracts of fungi P. indica, T. tomentosum and fungal extracts combined of P. indica and T. tomentosum at a concentration of 1% v/v was add to the cell suspension. Sampling in the time period (0, 24, 48, 72h) after the treatment were performed, and Vinblastine and Vincristine alkaloids were measured by using HPLC method. The results showed that three fungal extracts, P. indica, T. tomentosum and mixture of the fungal extract (P + T), increases the amount of Vinblastine, compared to the control and the greatest impact has been on fungal extract T. tomentosum. The average comparison of Vincristine between fungal extracts showed that the highest amount of Vincristine in the control samples and fungal extracts decrease the amount of Vincristine.
https://ab.basu.ac.ir/article_3175_d9091a8cb3f59e015c74eeef7f671e64.pdf
عصاره قارچی
سوسپانسیون سلولی
وینکریستین
وینبلاستین
پروانش
Fungal extract
Cell suspension
Vincristine
Vinblastine
Catharanthus roseuse
per
دانشگاه بوعلی سینا
دوفصلنامه فن آوری زیستی در کشاورزی(علمی-پژوهشی)
2476-6313
2476-566X
2018-05-22
9
1
55
67
10.22084/ab.2018.16618.1381
3176
research
بررسی همراهی گونههای ویروسی مختلف با بیماری موزائیک انجیر در ایران
Study on the Association of Different Virus Species with Fig Mosaic Disease in Iran
اطهر علی شیری
alishiria@yahoo.com
1
فرشاد رخشنده رو
rakhshandehroo_fa@srbiau.ac.ir
2
غلامرضا صالحی جوزانی
gsalehi@abrii.ac.ir
3
مسعود شمس بخش
shamsbakhsh@gmail.com
4
دانشجوی دکتری، گروه بیماریشناسی گیاهی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، واﺣﺪ ﻋﻠﻮم و ﺗﺤﻘﻴﻘﺎت دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایران
استادیار، گروه بیماریشناسی گیاهی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، واﺣﺪ ﻋﻠﻮم و ﺗﺤﻘﻴﻘﺎت دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایران
استاد پژوهش، بخش تحقیقات بیوتکنولوژی میکروبی، پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی ایران (ABRII)، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی (AREEO)، کرج، ایران
ﺩﺍﻧﺸﻴﺎﺭ، ﮔﺮﻭﻩ ﺑﻴﻤﺎﺭﻱﺷﻨﺎﺳﻲ ﮔﻴﺎﻫﻲ، ﺩﺍﻧﺸﻜﺪﻩ ﻛﺸﺎﻭﺭﺯﻱ، ﺩﺍﻧﺸﮕﺎﻩ ﺗﺮﺑﻴﺖ ﻣﺪﺭﺱ، تهران
بیماری موزائیک انجیر مهمترین بیماری خسارت زا در انجیر است و چندین ویروس از خانوادههای مختلف با ژنوم از نوع آر.ان.ای (RNA) و دی.ان.ای (DNA) در آن نقش دارند. در این تحقیق حضور مهمترین ویروسهای با ژنوم آر.ان.ای دخیل در بیماری شامل Fig mosaic virus (FMV)، Fig latent virus-1 (FLV-1)،Fig cryptic virus (FCV) ، Fig fleck-associated virus (FFKaV)، Fig leaf mottle associated virus-1 (FLMaV-1)، Fig leaf mottle associated virus-2 (FLMaV-2)، Fig leaf mottle associated virus-3 (FLMaV-3) و Fig mild mottle associated virus (FMMaV) در انجیرکاریهای مختلف کشور موردبررسی قرار گرفت. نمونهبرداریها از 14 استان انجام شد و شامل 611 نمونه برگی دارای علائم موزائیکی بود. پس از استخراج آر.ان.ای دو رشتهای با ستون سلولزی، سی.دی.ان.ای (cDNA) با استفاده از آغازگر تصادفی ساخته شد. واکنش زنجیرهای پلیمراز برای هرکدام از این ویروسها با آغازگر اختصاصی مربوط به هر ویروس انجام گرفت. درنهایت بعد از مشخص شدن مناطق آلوده، آلودگیهای مخلوط بین خانوادههای مختلف ویروسی موردبررسی و FMV مشخص شد. نتایج حاکی از وجود آلودگی در تمام استانهای موردمطالعه بود و همچنین بیش از نیمی از نمونههای جمعآوری شده حداقل به یکی از ویروسها آلوده بودند. بعضی از ویروسها مانند FMV نیز در بعضی از مناطق مثل استان فارس ردیابی نشد. بیشترین میزان آلودگی مربوط به FMV و FFKaV با 7/34 و 2/14 درصد و کمترین مربوط به FMMaV با 4/4 درصد آلودگی بود. بیشترین میزان آلودگی مخلوط مربوط به حضور FMV با اعضاء خانواده Closteroviridae بود.
Fig mosaic disease which is known as one of the most important impacting viral diseases of fig, is caused by several DNA and RNA viruses belonging to the different genera and families. The objective of the present study was to evaluate the presence of the most important RNA viral agents causing the disease including: Fig mosaic virus (FMV), Fig latent virus-1 (FLV-1), Fig cryptic virus (FCV), Fig fleck-associated virus (FFKaV), Fig leaf mottle associated virus-1 (FLMaV-1), Fig leaf mottle associated virus-2 (FLMaV-2), Fig leaf mottle associated virus-3 (FLMaV-3) and Fig mild mottle associated virus (FMMaV) in different fig cultivations of the country. Sample collection was done from 14 provinces and 611 symptomatic fig leaves. The cDNA of the samples was synthesized using the isolated dsRNAs with cellulose column and random primer. The molecular identification was performed using PCR and specific primers for each virus. After characterization of the infected regions, the results of identification of mixed infections by different viruses showed that the FMV. The results indicated that all of the studied provinces and more than half of the collected samples are infected with at least one of the viruses. Some of the viruses such as FMV were not detected in certain visited regions such as Fars province. The FMV and FFKaV with infection rates of 34.7% and 14.2% and FMMaV with 4.4% showed the highest and lowest infection rates, respectively. The highest level of the mixed infection was observed for FMV and the members of the Closteroviridae family.
https://ab.basu.ac.ir/article_3176_4ff62928268c4c77188f7d474bc30795.pdf
بیماری موزائیک انجیر
ویروس موزائیک انجیر
آلودگی مشترک
ویروسهای آر.ان.ایدار
Fig mosaic disease
Fig mosaic virus
Mixed infection
RNA viruses
per
دانشگاه بوعلی سینا
دوفصلنامه فن آوری زیستی در کشاورزی(علمی-پژوهشی)
2476-6313
2476-566X
2018-05-22
9
1
69
79
10.22084/ab.2018.14593.1362
3177
research
کاربرد سیستم الکتروفورز ژل عمودی پلیاکریلآمید بهینه و مقرونبهصرفه با رنگآمیزی اتیدیوم بروماید در بررسی تنوع ژنتیکی ژنوتیپهای آفتابگردان با استفاده از نشانگر مولکولی TRAP
Application of a High-throughput Polyacrylamide Electrophoresis Gel System with Ethidium Bromide Staining in Genetic Diversity Estimation of Sunflower Genotypes Using TRAP Markers
حسین زینل زاده تبریزی
h.zeinalzadeh@areeo.ac.ir
1
آرش حسین پور
arash8643@yahoo.com
2
استادیار پژوهشی، بخش تحقیقات علوم زراعی و باغی، مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی استان اردبیل، سازمان تحقیقات، ترویج و آموزش کشاورزی، اردبیل (مغان)، ایران
استادیار پژوهشی، بخش تحقیقات علوم زراعی و باغی، مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی استان اردبیل، سازمان تحقیقات، ترویج و آموزش کشاورزی، اردبیل (مغان)، ایران
در این پژوهش کاربرد روش جدید الکتروفورز ژل پلیاکریلآمید با استفاده از رنگآمیزی اتیدیوم بروماید برای بررسی تنوع ژنتیکی ژنوتیپهای آفتابگردان با استفاده از نشانگر مولکولی نوین TRAP ارائهشده که نسبت به روشهای متداول رنگآمیزی نقره و نشاندار کردن آغازگرها با فلورسنت، دارای مزیتهایی همچون مقرونبهصرفه بودن، سرعت بالای تجزیه، تجزیه تعداد زیادی نمونه در واحد زمان (196 × 2) در هر آزمایش و همچنین استفاده مجدد از ژلها میباشد. 6 آغازگر ثابت و 6 آغازگر تصادفی نشانگر مولکولی TRAP بهکاررفته توسط این روش الکتروفورز 19 ترکیب نشانگری ایجاد کردند که از میان 116 نوار ایجادشده توسط نشانگر TRAP، 109 تای آنها چندشکل بودند. میانگین تعداد نوارهای چندشکل 79/5 بود. اندازه قطعات آشکارشده بین 25-920 جفت باز بود. محتوای اطلاعات چندشکل (PIC) این نشانگر بین 03/0 و 50/0 با میانگین 33/0 بود. ترکیب نشانگری (MAX3BR و Sa12) با محتوای اطلاعات چندشکل 49/0 چندشکلترین جایگاه بود. نتایج آزمایش نشان داد که این روش نهتنها در آشکارسازی محصولات نشانگرهای ریزماهواره بلکه در سایر نشانگرها مانند TRAP که تعداد زیادی نوار چندشکل تولید میکنند میتواند بسیار مفید واقع شود.
In this research, the application of new electrophoresis method of polyacrylamide gel using ethidium bromide staining for genetic variation of sunflower genotypes using TRAP novel marker has been proposed which has advantages such as low-cost, higher speed of analysis, analysis of a large number of samples per unit time (196×2) per experiment, as well as the reuse of gels in comparison with conventional methods of silver staining and fluorescent primer labeling. Six fixed and six arbitrary primers produced 19 TRAP markers so that from 116 bands, 109 of them were polymorphic. Mean number of polymorphic bands were 5.79. DNA fragments size were between 25-920 bp. Polymorphic Information Content (PIC) of this marker were between 0.03 and 0.50 (with the average of 0.33). Primer combination (MAX3BR and Sa12) with PIC value of 0.49 was the highest polymorphic locus. The results showed that this method could be very useful not only in detecting products of the microsatellite markers, but also in other markers, such as TRAP, which produces many polymorphic bands.
https://ab.basu.ac.ir/article_3177_a9e04f92b534b89ab6804fc655cafc84.pdf
آفتابگردان
تنوع ژنتیکی
چندشکلی
الکتروفورز
Sunflower
Genetic diversity
Polymorphism
Electrophoresis