استفاده از تکنیک PCR آشیانه¬ای برای ردیابی سریع قارچ Rosellinia necatrix عامل پوسیدگی سفید ریشه درختان از خاک و ریشه

نوع مقاله: مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 دانشجوی سابق کارشناسی ارشد بیماری شناسی گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه صنعتی اصفهان ، اصفهان

2 دانشیار بیماری شناسی گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه صنعتی اصفهان ، اصفهان

چکیده

بیماری پوسیدگی سفید ریشه یکی از مهم­ترین بیماری­های درختان میوه در دنیا و ایران می­باشد که توسط قارچ Rosellinia necatrix ایجاد می­شود. به­منظور ردیابی سریع بیمارگر از خاک و ریشه، شش سری خاک از کنار طوقه درختان آلبالو آلوده و دو نمونه خاک به عنوان شاهد منفی و مثبت جمع­آوری گردید. استخراج مستقیمDNA  از هشت سری خاک مذکور و ریشه­های آلبالو دارای میسلیوم­های سفید و خاکستری روی پوست، ریشه­های دارای میسلیوم­های بادبزن مانند و ریشه بدون علائم و هم­چنین دو ریشه باقلا (گیاه آزمون) دارای ریشه­های آغشته به میسلیوم روی سطح ریشه و ریشه­های فاقد علائم صورت گرفت. ردیابی بیمارگر از خاک و ریشه با استفاده ازآغازگرهای اختصاصی R2، R8 و R7، R10 در Nested PCR انجام شد. طبق نتایج به­دست آمده، از تمام شش سری خاک، ریشه­های آلبالوی دارای میسلیوم­های سفید و خاکستری و میسلیوم­های باد­بزن مانند و ریشه­های باقلا دارای علائم، بیمارگر ردیابی شد. ردیابی قارچ از ریشه­های بدون علائم در مورد هر دو میزبان امکان­پذیر نشد. در ادامه توالی ناحیه ITS جدایه مورد آزمایش تکثیر، همسانه سازی و تعیین توالی نوکلئوتیدی گردید. نتایج هم­ردیف سازی توالی مورد نظر با توالیR. necatrix ثبت شده موجود در بانک ژن نشان داد که جدایه به­دست آمده از خاک حداکثر شباهت (99/98%) را با جدایه شناخته شده R. necatrix دارد. با توجه به یافته­های این پژوهش به نظر می­رسد تکنیک Nested PCR توانائی خوبی در ردیابی سریع و مقادیر کم قارچ در خاک­های آلوده و ریشه گیاهان را دارد.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

The Use of Nested PCR Method for Rapid Detection of Rosellinia necatrix Causal Agent of White Root Disease From Soil and Root

نویسندگان [English]

  • Seyed morteza Mohammadi Meymand 1
  • Bahram Sharifnabi 2
  • Massoud Bahar 2
1 Former MSc. Student of Plant Pathology, Department. of Plant Protection, College of Agriculture, Isfahan University of Technology
2 Associate Professor of Plant Pathology, Department. of Plant Protection, College of Agriculture, Isfahan University of Technology
چکیده [English]

White root rot disease, caused by Rosellinia necatrix is one of the most important disease of fruit trees in Iran and worldwide. To detect the pathogen from soil and root, six infected soil samples were collected from cherry crown trees and two samples were collected as positive and negative control. DNA Extraction from eight soil samples including infected cherry roots by white cottony mycelium, roots infected by white mycelial fans and symptom less roots and two faba roots, with white cottony mycelium and symptom less root was performed. Detection of the Pathogen was done by two specific primer pairs R2، R8 and R7، R10 in Nested PCR reaction. The results showed the detection from six infected soil, positive control and in roots colonized by white cottony mycelium and roots by white mycelial fans and faba roots colonized by white cottony mycelium. No detection was achieved from symptom less roots. To verify the accuracy of the used detection method, ITS region was amplified and cloned in pTZ57R/T vector and sequenced. Comparison of the sequence showed %98.99 similarities to the recognized isolate of R. necatrix. According to our findings, it seems that Nested PCR method could be useful to rapid detection of R. necatrix from soil and root of plants in orchards.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Rosellinia necatrix
  • Nested PCR
  • White root rot
  • Detection