شناسایی، همسانه سازی و تحلیل ساختار ژن تیوردوکسین VvTrxh10) h )جدا شده از بافت حبه انگور (Vitis vinifera L.) رقم یاقوتی

نوع مقاله: مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 دانش آموخته کارشناسی ارشد گروه بیوتکنولوژی کشاورزی، دانشگاه بین¬المللی امام خمینی (ره)، قزوین

2 استادیارگروه بیوتکنولوژی کشاورزی، دانشگاه بین¬المللی امام خمینی (ره)، قزوین

3 استادیار گروه بیوتکنولوژی کشاورزی، دانشگاه بین¬المللی امام خمینی (ره)، قزوین

چکیده

جهت بررسی ساختار ژن تیوردوکسین، RNA کل از بافت حبه انگور (Vitis vinifera L.) رقم یاقوتی استخراج و با استفاده از روش واکنش زنجیره­ای پلیمراز نسخه برداری معکوس(RT-PCR) ، کتابخانه cDNA تهیه گردید. سپس ژن تیوردوکسین h تحت عنوان VvTrxh10 سنتز، جداسازی و در ناقل پلاسمیدی pUC19 همسانه سازی شد. نتایج توالی­یابی نشان داد که قطعه همسانه سازی شده از ژن تیوردوکسین h حاوی یک چارچوب قرائت آزاد منفرد به طولbp  345 بوده و پروتئینی با 114 اسید آمینه را کد می­کند. بررسی ترجمه پروتئینی توالی رمز کننده نشان داد که این ژن حاوی جایگاه فعال غیر معمولRCGLC ، اسید آمینه تریپتوفان ویژه W و یک موتیف ساختاری درگیر در انتقال سلول به سلول در انتهای آمینوی (MAEE) خود می­باشد. بررسی فیلوژنتیکی و نیز همردیف سازی چندگانه نشان داد که این آیزوفرم متعلق به زیرگروه I از تیوردوکسین­های h است. علاوه بر آن، توالی پروتئینی پیش­بینی شده، شباهت زیاد آن را با ژن تیوردوکسین h سایر گیاهان در بانک ژن NCBI نشان داد.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

Identification, Cloning and Characterization of a Thioredoxin h (VvTrxh10) Gene Isolated from Grape (Vitis vinifera L.) cv. Yaquti Berry Tissue

نویسندگان [English]

  • Seyed Sharafeldin Mussavi 1
  • Raheem Haddad 2
  • ghasem-ali garousi 3
  • Ramin Hosseini 3
1 Graduate in MSc of Agricultural Biotechnology, Department of Agricultural Biotechnology, Imam Khomeini International University, Qazvin, IR of Iran
2 Assistant Professor, Department of Agricultural Biotechnology, Imam Khomeini International University, Qazvin, IR of Iran
3 Assistant Professor, Department of Agricultural Biotechnology, Imam Khomeini International University, Qazvin, IR of Iran, P. O. Box: 34149-288 Tel: 0281- 8371165, Fax: 3780073.
چکیده [English]

Total RNA was extracted from grape (Vitis vinifera L.) cv. Yaquti berry tissue to characterize a thioredoxin h gene (VvTrxh10). A cDNA library was synthesized using reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR). Then, the VvTrxh10 gene was amplified, isolated and cloned in a pUC19 vector plasmid. Nucleotide sequence analysis revealed that the cloned cDNA expressed thioredoxin and contained a single open reading frame of 345 bp encoding a protein of 114 amino acid residues. Predicted protein sequence analysis showed that this gene contains a nongeneral catalic site RCGLC, characteristic tryptophan (W) and potential structural motif involving cell-to-cell taransfer (MAEE) in N-terminal. Phylogenetic and alignment studies revealed that such isoform belongs to the subgroup I from h thioredoxins group. Moreovere, relevant predicted protein exhibited a high similarity with the other plant thioredoxins h gene in the NCBI gene bank.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Grapevine
  • Thioredoxin h
  • Cloning
  • Sequence analysis
  • Yaquti cultivar