الکتروفورز افقی پلی‌اکریل‌آمید با استفاده از چاهک‌های ژل‌آگارز

نوع مقاله: مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 دانش‌آموخته کارشناسی‌ارشد گروه بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی دانشگاه بوعلی‌سینا، همدان

2 استادیار گروه بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی دانشگاه بوعلی‌سینا، همدان

چکیده

الکتروفورز افقی ژل‌آگارز، یکی از ابزارهای پایه در زیست‌شناسی مولکولی است. این روش  آسان و سریع بوده، استفاده از آن نیاز به مهارت زیادی ندارد. یکی از معایب ژل‌آگارز این است که جداسازی قطعات کوچک DNA با تفاوت­های ناچیز در حد چند جفت باز و همچنین تفکیک قطعات کوچک مولکول­های DNA و پروتئین در این ژل به‌خوبی امکان‌پذیر نیست که به‌طور متداول در این موارد از ژل پلی‌اکریل‌آمید استفاده می­شود. الکتروفورز عمودی ژل پلی‌اکریل‌آمید علی­رغم مزایایی که دارد ولی روشی پیچیده، گران و زمان‌بر می­باشد. اخیراً روشی برای الکتروفورز ژل پلی‌اکریل‌آمید به‌صورت افقی معرفی شده است که ضمن داشتن مزایا نسبت به روش عمودی، ولی نیازمند ساخت دستگاهی جدید جهت انجام عمل الکتروفورز می­باشد. در این پژوهش از دستگاه الکتروفورز افقی ژل‌آگارز با اندکی تغییرات، به‌منظور انجام الکتروفورز ژل پلی­اکریل­آمید برای قطعات DNA  تکثیر شونده توسط نشانگرهای ریزماهواره­ای استفاده شد. در این روش عمل الکتروفورز ژل پلی‌اکریل‌آمید، به‌صورت افقی و با استفاده از ژل دو قسمتی آگارز و پلی‌اکریل‌آمید انجام شد. نتایج نشان داد باندهای حاصل از الکتروفورز کاملاً شفاف و واضح می­باشند. همچنین در این روش، مشکلات تشکیل حباب در ژل و پارگی ژل، در هنگام جداسازی شیشه از ژل، وجود ندارد. دستگاه الکتروفورز معرفی شده، دو منظوره است که می­توان از آن هم برای ژل آگارز  و هم برای ژل پلی‌اکریل‌آمید استفاده نمود.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

Horizontal Polyacrylamide Gel Electrophoresis by Agarose Slots

نویسندگان [English]

  • mohammad hossein safari 1
  • Asghar Mirzaie-asl 2
چکیده [English]

Horizontal submerged agarose gel electrophoresis of nucleic acids is a basic tool of modern molecular biology. This method is quick and easy and the use of that does not require too much skills. Separation of small fragments of DNA and molecular proteins are not possible with agarose gel efficiently, so that acrylamide gel is used for the above mentioned aims.  Vertical polyacrylamide gel electrophoresis, which is costly, time consuming with hard handling. Recently, a method of horizontal polyacrylamide gel electrophoresis was introduced which requires especial equipment. In this study, we used the agarose electrophoresis tank with changes for small DNA fragments of SSR markers separation by horizontal polyacrylamide gel electrophoresis. In this method, horizontal electrophoresis performed using by a two-part gel prepared with agarose and polyacrylamide. The results showed the very sharp bands and in addition, in this electrophoresis method air bubbles not formed and cause reduction rupturing in the gel by glasses separation. New devised electrophoresis system can be applied for two aims, agarose and polyacrylamide gels electrophoresis.
  

کلیدواژه‌ها [English]

  • Horizontal electrophoresis
  • Polyacrylamide gel
  • Agarose gel
Bridgham, A., Hoff, B., Mayrand, P. and  Shigeura, J. 1994. Horizontal polyacrylamide gel electrophoresis. USA patent No: US5338426 A.

Gomez, S. M., Denvar, N. N., Ramasubramanian, T., Simpson, C. E., Burow, G., Burke, J. J., Puppala, N. and Burow, M.D. 2008. Identification of peanut  hybrids using microsatellite markers and horizontal polyacrylamide gel electrophoresis. Plant Science, 35: 123-129.

Izzo, V., Costa, M. A., Fiore, Rd., Duro, G., Bellavia. D., Cascone, E., Colombo, P., Gioviale, M. C. and Barbieri, R. 2006. Electrophoresis of proteins and DNA on horizontal sodium dodecyl sulfate  polyacrylamide gels. Immunity  and Ageing, 3(7): 1-5.

Marcheylo, B. A., handel, K. A. and Mellish, V. J. 1989 Fast horizontal Sodium Dodecyl Sulfate gradient polyacrylamide gel electrophoresis for rapid wheat cultivar identification and analysis of high molecular weight glutenin subunits. Cereal Chemistry, 66(3): 186-192.

Sambrook, J., Fritsch, E. F. and Maniatis, T. 2001. Molecular Cloning: A Laboratory Manual. 3nd edition. Cold Spring Harbor Laboratory, 545 p.