بررسی بیوانفورماتیکی اثر ترکیبات گیاهان رزماری، آویشن شیرازی و نعناع فلفلی بر تشکیل بیوفیلم باکتری سودوموناس آئروژینوزا با استفاده از روش داکینگ مولکولی

نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 دانشجوی کارشناسی ارشد، گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه رازی، کرمانشاه، ایران

2 دانشیار، گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم دانشگاه رازی، کرمانشاه، ایران

3 دانشیار، گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه رازی، کرمانشاه، ایران

4 دانشیار گروه میکروبیولوژی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی کرمانشاه، کرمانشاه، ایران

چکیده

امروزه باتوجه‌به خطر گسترش مقاومت آنتی‌بیوتیکی، بار دیگر گیاهان به‌عنوان جایگزین‌هایی طبیعی برای مقابله با عفونت‌های باکتریایی مورد‌توجه ویژه قرار گرفته‌اند. یکی از محدودیت‌های مطالعات انجام شده روی خواص ضدباکتریایی عصاره‌های گیاهی عدم‌تعیین ترکیب فیتوشیمیایی دقیقی است که مسئول خاصیت ضدباکتریایی است. بر این اساس، هدف مطالعه حاضر بررسی بیوانفورماتیکی اثر ترکیبات فیتوشیمایی گیاهان رزماری، آویشن شیرازی و نعناع فلفلی از خانواده نعناعیان روی تشکیل بیوفیلم باکتری Pseudomonas aeruginosa است تا مشخص شود کدام ترکیب فیتوشیمیایی در این گیاهان مسئول مهار تشکیل بیوفیلم در این باکتری است. برای انجام داکینگ مولکولی از نرم‌افزارPyRx software 0.8  استفاده شد. نتایج داکینگ مولکولی نشان داد که ترکیبات فیتوشیمیایی این گیاهان به پروتیین ضروری  LasR متصل شده و آن را مهار می‌کنند. براساس نتایج داکینگ مولکولی سه ترکیب Borneol، Linalool و Dihydrocarvone گزارش شده از گیاهان آویشن شیرازی، رزماری و نعناع فلفلی تمایل بالایی برای اتصال به جایگاه فعال پروتیین LasR نشان دادند و می توانند نامزد ضد Pseudomonas aeruginosa باشند.

کلیدواژه‌ها

موضوعات

عنوان مقاله [English]

Bioinformatics Analysis of Effects of Rosmarinus officinalis L., Zataria multiflora Boiss L. and Mentha piperita L. Compounds on Pseudomonas aeruginosa Biofilm Formation Using Molecular Docking

نویسندگان [English]

  • Tayebeh Hatami Pirghibi 1
  • Khosrow Chehri 2
  • Issac Karimi 3
  • Ramin Abiri 4
1 MSc Student, Department of Biology, Faculty of Science, Razi University, Kermanshah, Iran
2 Associate Professor, Department of Biology, Faculty of Science, Razi University, Kermanshah, Iran.
3 Associate Professor, Department of Biology, Faculty of Science, Razi University, Kermanshah, Iran
4 Associate Professor, Department of Microbiology, School of Medicine, Kermanshah University of Medical Sciences, Kermanshah, Iran
چکیده [English]

Today, according to the widespread of antibiotic resistance, plants have attracted considerable interest to combat bacterial infections. One of the most important limitations of different studies on antibacterial effects of plant extracts is that the exact phytochemical compounds responsible for antibacterial effect are unknown. The aim of current study was to pursue bioinformatics analysis of effects of phytochemical compounds of Rosmarinus officinalis L., Zataria multiflora Boiss L. and Mentha piperita L. (genera of Lamiaceae family) on Pseudomonas aeruginosa biofilm formation to determine the exact compound(s) responsible for inhibition of bacterial biofilm formation. PyRx software 0.8 was used to perform docking process. Results of this study showed that phytochemical compounds of selected plants bind to the essential protein of LasR and inhibit it. Based on results of molecular docking, Borneol, Linalool, and Dihydrocarvone compounds reported for Rosmarinus officinalis L., Zataria multiflora Boiss L., Mentha piperita L., respectively showed high affinity to LasR protein and they can be considered as anti-Pseudomonal candidates.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Phytochemical compounds
  • LasR
  • Quorum sensing
  • Lamiaceae
دوفصلنامه فن آوری زیستی در کشاورزی(علمی-پژوهشی)
دوره 13، شماره 1
شهریور 1401

فایل ها

هم رسانی

ارجاع به این مقاله

آمار