ارزیابی تنوع ژنتیکی برخی از توده های آویشن کوهی (Thymus kotschyanus) ایران با نشانگرهای نیمه تصادفی

نوع مقاله: علمی - پژوهشی

نویسندگان

1 استادیار گروه زراعت و اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی، دانشگاه لرستان، خرم آباد

2 دانش آموخته کارشناسی ارشد، گروه زراعت و اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی، دانشگاه لرستان، خرم آباد

چکیده

آگاهی از میزان تنوع ژنتیکی در مراحل مختلف انجام یک پروژه اصلاحی به­ویژه جهت بهره­برداری از منابع ژرم­پلاسمی امری ضروری است. در این مطالعه 18 توده آویشن کوهی (Thymus kotschyanus) با استفاده از 30 آغازگر نیمه‌تصادفی مورد بررسی قرار گرفت. از برگ­های جوان آویشن DNA ژنومی استخراج شد و محصولات تکثیر شده واکنش زنجیره­ای پلیمراز، بر روی ژل آگارز 5/1 درصد الکتروفورز گردید.نتایج حاصل از باندهای تکثیر یافته این آغازگرها نشان داد که متوسط تعداد باند چندشکل به ازای هر آغازگر و هر توده به ترتیب 8/19 و 33 عدد بود. بیشترین میزان اطلاعات چندشکلی و شاخص نشانگر را آغازگر IT18-1تشکیل داد. نتایج تجزیه خوشه­ای به روش میانگین فواصل با نرم­افزار DARwin5بیانگر بیشترین شباهت ژنتیکی بین دو توده آویشن کوهی از استان قزوین بود. نتایج تجزیه به مؤلفه­های اصلی نشان داد که سه مؤلفه اول در مجموع 50/17 درصد از کل واریانس را توجیه نمودند که بیانگر پراکنش مناسب آغازگرهای مورد استفاده در تمام سطح ژنوم می‌باشد.نحوه گروه­بندی تجزیه خوشه­ایبا گروه­بندی تجزیه مؤلفه­های اصلی هماهنگی داشت. نتایج بیانگر تنوع ژنتیکی بالای درون گونه­ای آویشن کوهی از مناطق مختلف ایران بود.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

Assessment of Genetic Diversity Among Iranian Thymus kotschyanus Accessions Using Semi-Random Markers

نویسندگان [English]

  • ahmad ismaili 1
  • farzane Mojiri 2
چکیده [English]

Evaluation of genetic diversity is essential step at the first of different breeding program especially for exploitation of germplasm potential. In this research, eighteen accessions of Thymus kotschyanus were study using thirty semi-random ISJ primers. Genomic DNA was extracted from fresh leaves and products of polymerase chain reaction were separated on 1.5% agarose gel by electrophoresis. Analysis of produced bands by ISJ primers showed that average polymorphism band number per primer and per accession were 19.8 and 33, respectively.The highest polymorphic information content (PIC) and marker index (MI) was belonged to IT18-1 primer. Dendrogram of cluster analysis with UPGMA method obtained by DARwin5 software showed that most genetic similarity was belonged to two accession of Qazvin province. Results of principle component analysis revealed that the cumulative variance of first three components included 17.5 % of total variance which indicates the primers used in this study have a good dispersion in plant genome. Grouping based on cluster analysis with grouping of principal component analysis had enough alignment. Totally, results of this study revealed high genetic diversity among T. kotschyanus in different areas of Iran and these results could be informative for future studies.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Thymus kotschyanus
  • Genetic variation
  • ISJ primer
  • Polymorphism