ارزیابی تنوع ژنتیکی ژنوتیپ‌های مختلف خرمای ایرانی با استفاده از نشانگر ISSR

نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 دانشجوی دکتری، گروه زیست‌شناسی، واحد کرمان، دانشگاه آزاد اسلامی، کرمان، ایران

2 استادیار، گروه زیست‌شناسی، واحد کرمان، دانشگاه آزاد اسلامی، کرمان، ایران

3 استادیار پژوهشی، بخش زراعی و باغی، مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی استان کرمان، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی (AREEO)، کرمان، ایران

4 مربی، بخش زراعی و باغی، مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی استان کرمان، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی (AREEO)، کرمان، ایران

10.22084/ab.2024.28515.1489

چکیده

نخل خرما یکی از مهم‌ترین درختان مناطق خشک و گرمسیری به‌عنوان یک منبع غذایی خوب می‌باشد و نقش مهمی در اقتصاد کشور دارد. لذا هدف از این مطالعه بررسی ساختار جمعیت، تنوع ژنتیکی و ﺣﻔﺎﻇﺖ از ذﺧﺎﯾﺮ ژنتیکی ژنوتیپ‌های مهم خرما با استفاده از نشانگر مولکولی ISSR جهت استفاده در مطالعات ژنومیک است. تحقیق حاضر به‌منظور ارزیابی میزان تنوع ژنتیکی 70 ژنوتیپ خرمای ایرانی، متعلق به 13 جمعیت مختلف، با استفاده از 10 نشانگر ISSR انجام شد. تعداد آلل‌ها موجود در هر مکان ژنی بین 5 تا 10 و در مجموع 65 آلل مشاهده شد. بیش‌ترین محتوی اطلاعات چندشکلی 30 و کم‌ترین آن 6 درصد به‌ترتیب مربوط به آغازگرهای C877 و C842 و محتوی اطلاعات چندشکلی در مجموع 10 نشانگر با میانگین 4/19 درصد بود. تجزیه به مؤلفه‌های اصلی (PCoA) نشان داد که دو مؤلفه اصلی، 43/80 درصد از کل تغییرات را شامل شدند. بیش‌ترین شباهت ژنتیکی بر اساس ضریب جاکارد بین ژنوتیپ‌های G12 (دیری) و دِگلت‌نور (G13) و کم‌ترین مقدار بین ژنوتیپ‌های پایه نر (G19) و امه‌شنبه (G36)، به‌دلیل تنوع ژنتیکی در جمعیت‌های محلی مشاهده شد که می‌تواند در به‌نژادی موردتوجه قرار گیرد. دندروگرام حاصل از تجزیه خوشه‌ای بر اساس روش UPGMA شش خوشه اصلی را نشان داد. در این مطالعه، برخی از ژنوتیپ‌ها، بر اساس پراکنش جغرافیائی گروه‌بندی نشدند. ژنوتیپ‌های نر خرما در هر دو مورد خوشه‌بندی UPGMA و PCoA از بقیه ژنوتیپ‌های تحت بررسی متمایز بودند. در نتیجه، رویکردهای مناسب نشانگر ISSR باعث ایجاد تفیک در بین 70 ژنوتیپ خرمای موردمطالعه شد که اطلاعات ارزشمندی را برای بهبود آتی این محصول مهم ارائه خواهند کرد.

کلیدواژه‌ها

موضوعات

عنوان مقاله [English]

Assessment of Genetic Diversity of Iranian Date Palm Genotypes Using ISSR Markers

نویسندگان [English]

  • Fatemeh Khorshidi Jorjandi 1
  • Sayed Mohammad Reza Khoshroo 2
  • Javad Farrokhi Toolier, 3
  • Bahareh Damankeshan, 4
1 PhD. Student, Department of Biology, Kerman Branch, Islamic Azad University, Kerman, Iran
2 Assistant Professor, Department of Biology, Kerman Branch, Islamic Azad University, Kerman, Iran
3 Assistant Professor, Horticulture Crops Research Department, Kerman Agricultural and Natural Resources Research and Education Center, Agricultural Research, Education and Extension Organization (AREEO), Kerman, Iran
4 Instructor, Horticulture Crops Research Department, Kerman Agricultural and Natural Resources Research and Education Center, Agricultural Research, Education and Extension Organization (AREEO), Kerman, Iran
چکیده [English]

The date palm is one of the most important trees in dry and tropical regions as a good food source and plays an important role in the country's economy. Therefore, this study aims to investigate the population structure, genetic diversity and protection of the genetic reserves of important date genotypes using the ISSR molecular marker for use in genomic studies. The present research was conducted to evaluate the genetic diversity of 70 Iranian date genotypes belonging to 13 different populations, using 10 ISSR markers. The number of alleles in each gene location was between 5 and 10, and 65 alleles were observed. The highest content of polymorphic information was 30, and the lowest was 6%, respectively, for primers C877 and C842, and the content of polymorphic information was 10 markers with an average of 19.4%. Principal component analysis (PCoA) showed that the two main components included 80.43% of the total changes. The highest genetic similarity based on the Jaccard coefficient was observed between the G12 (Diri) and Deglet-Noor (G13) genotypes, and the lowest value between the male base genotypes (G19) and Amehshanbe (G36), due to genetic diversity in local populations, which can be taken into account in the race. The dendrogram of the cluster analysis based on the UPGMA method showed six main clusters. In this study, some genotypes were not grouped based on geographical distribution. Date male genotypes differed from the other genotypes in both UPGMA and PCoA clustering cases. As a result, suitable approaches of ISSR markers have created distinctions among the 70 date palm genotypes studied, which will provide valuable information for the future improvement of this important product.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Cluster analysis
  • Principal components Analysis
  • Genetic similarity
  • Polymorphism
  • Population structure

فایل ها

هم رسانی

ارجاع به این مقاله

آمار