بررسی تنوع ژنتیکی جدایه‌های ویروس لکه حلقوی پاپایا در جنوب ایران

نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 دانشجوی دکتری، گروه گیاه‌پزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز، شیراز، ایران

2 استاد، گروه گیا‌ه‌پزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز، شیراز، ایران

10.22084/ab.2024.28632.1490

چکیده

طی بررسی بوته‌های پاپایا از گلخانه‌های اطراف شهرهای یزد، مهریز، کرمان، بوشهر و چابهار در سال 1402، نمونه‌های برگ و میوه با علائم زردی، بندکفشی شدن، ریزبرگی و فنجانی‌شدن در برگ، تیرگی دمبرگ و خال‌سیاهی در میوه جمع‌آوری و به آزمایشگاه منتقل شد. به‌منظور ردیابی ویروس لکه‌حلقوی پاپایا و بررسی تنوع ژنتیکی در نمونه‌های جمع‌آوری‌ شده و دارای علائم، آر.ان.ای کل از بافت برگ‌های دارای علائم و بدون علائم (کنترل منفی) با روش روحانی و همکاران اسـتخراج و با یک جفت آغازگر عمومی پوتی‌ویروس‌ها (Nib1 و Nib3R) در واکنش زنجیره‌ای پلی‌مراز معکوس موردبررسی قرار گرفت. واکنش RT-PCR برای ردیابی ویروس‌های عامل بیماری در نمونه‌های گیاهان پاپایا دارای علائم مورد بررسی، واکنش مثبت نشان دادند و منجر‌ به تکثیر قطعه‌ی 350 جفت‌بازی متعلق به بخشی از چارچوب پروتئین رمزکننده‌ی اینکلوژن‌ بادی هسته‌ای (NIb) ویروس شدند. درحالی‌که، در نمونه‌های سالم هیچ قطعه‌ای تکثیر نشد. محصولات PCR به‌صورت دوطرفه تعیین ترادف شدند. جستجو با برنامه بلاست (Blast) و رسم درخت فیلوژنتیکی نشان داد که جدایه‌های ایرانی PRSV دارای تنوع بالایی بوده و در حالت کلی بیش‌تر جدایه‌های موردبررسی نزدیکی زیادی با جدایه‌های هندی و چینی PRSV داشتند.

کلیدواژه‌ها

موضوعات


عنوان مقاله [English]

Investigating of the Genetic Diversity of Papaya Ring Spot Virus Isolates in Southern Iran

نویسندگان [English]

  • Mehrdad Salehzadeh 1
  • Alireza Afsharifar 2
1 PhD Student, Department of Plant Protection, Faculty of Agriculture, Shiraz University, Shiraz, Iran
2 Professor Department of Plant Protection, Faculty of Agriculture, Shiraz University, Shiraz, Iran
چکیده [English]

During the examination of papaya plants from the greenhouses around Yazd, Mehriz, Kerman, Bushehr and Chabahar cities in the spring and summer of 1402, samples with yellowness, laceration, small leaves and cupping of leaves, darkening of the petiole and black spot of the fruit symptoms were collected. In order to detect papaya ringspot virus and to investigate the genetic diversity in the collected samples with symptoms, total RNA was extracted from the tissue of leaves with symptoms and without symptoms (negative control) and it was investigated with a pair of general primers of potyviruses (Nib1 and Nib3R) in reverse polymerase chain reaction. The RT-PCR reaction to detect disease-causing viruses in the samples of papaya plants with investigated symptoms showed a positive reaction and led to the amplification of a 350 bp fragment belonging to a part of the nuclear body inclusion protein open reading frame. PCR products obtained were sequenced bilaterally. After NCBI blast of sequences and drawing the phylogenetic tree showed that Iranian PRSV isolates had a high diversity, and in general, most of the examined isolates were very close to Indian and Chinese PRSV isolates.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Degenerate primers
  • Papaya
  • Potyvirus
  • Polymerase chain reaction