بررسی روابط ژنتیکی توده‌های آویشن به‌وسیله نشانگر DNA چندشکل تکثیرشده تصادفی (RAPD)

نوع مقاله: علمی - پژوهشی

نویسندگان

1 دانش‌آموخته کارشناسی‌ارشد گرایش اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی دانشگاه لرستان، خرم‌آباد

2 استادیاران گروه زراعت و اصلاح نباتات دانشکده کشاورزی دانشگاه لرستان، خرم‌آباد

چکیده

آویشن (Thymus sp.)، که معمولاً به­عنوان گیاه دارویی شناخته می­شود، در نواحی مختلف ایران یافت می­گردد. آنالیز روابط ژنتیکی در میان گونه­ها جهت فهم فرایند تکامل در سطح جمعیت و در سطــح ژنوم ضــروری است. فن­آوری­های نشـانگر مولکولی پیشـرفت قابل­توجهی داشته­اند و تأثیر زیادی در یافتن اساس تنوع ژنتیکی دارند. در این مطالعه 70 توده جمع­آوری­شده از مناطق مختلف ایران، به­وسیله 30 آغازگر RAPD آنالیز شدند. بعد از استخراج DNA و انجام PCR با استفاده از آغازگرهای مختلف در کل 407 باند تکثیر شد که 320 باند چندشکلی نشان داد. میانگین میزان اطلاعات چندشکلی در توده­های مورد بررسی 34/0 محاسبه شد که آغازگر D13 دارای بیش­ترین میزان PIC و آغازگر B04 دارای کمترین میزان PIC بود. ماتریس تشابه حاصل از ضریب جاکارد و دندوگرام حاصل از تجزیه خوشه­ای به­روش UPGMA ترسیم گردید. نتایج به­دست آمده از تجزیه به مؤلفه­های اصلی و تجزیه به مختصات اصلی با نتایج حاصل از تجزیه خوشه­ای مطابقت داشت. فواصل ژنتیکی که به­وسیله نشانگر RAPD در این تحقیق برآورد گردید، می­تواند اطلاعات باارزشی برای انجام مطالعات و کارهای اصلاحی روی این گیاه باارزش دارویی به­دست دهد. 

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

Survey of Genetic Relationships in Thymus Accessions, Using Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) Marker

نویسندگان [English]

  • s. mahmood zabeti 1
  • ahmad ismaili 2
  • hadi ahmadi 2
چکیده [English]

Thymus sp.,commonly known as medical plant, is found in the different regions of Iran. Analysis of genetic diversity within species is vital for understanding evolutionary processes at the population and genomic level. Molecular marker technologies are the most advanced and, possibly, the most effective means for understanding the basis of genetic diversity. In the present study, 70 accessions collected from different districts of Iran were analyzed, using 30 RAPD primers. After DNA extracting, PCR performed using different primers. Totally, of amplified 407 bands, 320 bands were polymorphic corresponding to 78.62% polymorphism across the accessions. The average of polymorphism information content (PIC) was 0.34 and D13 and B04 primers had the highest and lowest PIC value, respectively. The UPGMA-based dendrogram constructed among the 70 accessions depends on the similarity matrix results. Results of Principal component analysis confirmed the results of cluster analysis. Assessment of genetically distances using RAPD marker could revealed important information for breeding and improvement of this plant. 

کلیدواژه‌ها [English]

  • Polymorphism information content
  • Cluster analysis
  • Similarity matrix
  • Principal component analysis