خوشه‌بندی ژنتیکی گونه غالب باکتری‌های گره‌زای ریشه باقلا بر پایه ژن 16 rDNA و الگوی فنوتیپ آن‌ها

نوع مقاله: علمی - پژوهشی

نویسندگان

1 دانشجوی سابق بیماری‌شناسی گیاهی، گروه گیاهپزشکی دانشکده کشاورزی، دانشگاه بوعلی‌سینا، همدان

2 استاد بیماری‌شناسی گیاهی گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه بوعلی‌سینا، همدان

چکیده

باقلا یکی از مهم­ترین بقولات دانه­ای جهان است. شناسایی و خوشه­بندی باکتری­های همزیست با ریشه این گیاه برای استفاده زراعی و نیز تعیین جایگاه رده­بندی باکتری از اهمیت ویژه­ای برخوردار است. در بهار 1388 از ریشه باقلا در مزارع استان لرستان با حرکت زیگزاگی در قطر مزرعه به­صورت تصادفی نمونه­برداری شد. از گره­های ریشه باقلا 65 استرین باکتری روی محیط­کشت YMA جدا شد که 58 استرین گره­زا بودند. ویژگی­های فنوتیپی استرین­ها­ی گره­زا براساس روش­های استاندارد باکتری­شناسی بررسی شد. نتایج نشان داد که باکتری­های گره­زای ریشه باقلا در استان لرستان وابسته به­ گونه­هایRhizobium leguminosarum  به­عنوان گونه غالب وR. etli هستند. پس از استخراج DNA از استرین­ها از پرایمرهای اختصاصی برای تکثیر ژن کدکننده 16SrDNA استفاده شد. توالی محصول PCR به­دست آمده از یک استرین نماینده غالب تعیین و با بانک داده­های سایت NCBI مقایسه شد. نتایج حاصل از مقایسه توالی نوکلئوتیدهای تکثیر شده ژن مزبور نشان داد که استرین NSZ3 شباهت بالایی به استرینR. leguminosarum bv. viciae strain BIHB 1157  دارد. خوشه­بندی استرین­های جدا شده بیانگر قرار گرفتن استرین  NSZ3در یک خوشه جداگانه ولی با شباهت بالا و درمیان استرین­های متنوع شناسایی شده R. leguminosarum bv. viciae بود.  

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

Clustering of the Dominant Broad-Bean Root Nodulating Bacteria Based on 16S rDNA and Their Phenotypic Pattern

نویسندگان [English]

  • negar serajzadeh 1
  • gholam khodakaramian 2
چکیده [English]

Broad bean is one the most important legume plants in the world. Characterization and clustering of the root nodulating bacteria on this plant is a noteworthy issue. In spring 2011 root samples were collected randomly from broad bean fields in Lorestan province. A total of 65 bacterial strains were isolated which among them 58 strains could nodulated broad bean roots under green house condition. Phenotypic characteristics of these strains were determined based on the standard bacteriological methods. Results showed that they were belongs to two species includingRhizobium leguminosarum  and R. etli. Total DNA from some representatives strains were isolated and they were subjected to PCR using specific primers for amplification of 16S rRNA encoding gene. Sequence analysis of the amplified PCR band from a broad-bean root nodulating representative strain by NCBI blast software revealed that the tested strains has high sequence similarity to R. leguminosarum bv. viciae strain BIHB. Clustering of the isolated strains showed a single separated cluster for representative strain with high similarity among the diverse R. leguminosarum bv. viciae.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Rhizobium leguminosarum
  • Rhizobium etli
  • R. leguminosarum bv. viciae
  • Fabaceae