بررسی تنوع ژنتیکی برخی از توده¬های محلی طالبی ایرانی با استفاده از نشانگرهای مولکولی ریزماهواره

نوع مقاله: مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 دانشجوی سابق کارشناسی ارشد گروه بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه بوعلی¬سینا، همدان

2 استادیار گروه علوم باغبانی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه بوعلی¬سینا، همدان

3 استادیار پژوهش، موسسه تحقیقات اصلاح و تهیه نهال و بذر، کرج

چکیده

در این بررسی تنوع ژنتیکی بین 41 توده محلی طالبی (Cucumis melo L.)  به همراه دو رقم خربزه (Cucumis sativus L.) از طریق تنوع در توالی­های تکراری کوتاه با استفاده از 12 جفت آغازگر ریزماهواره مورد ارزیابی قرار گرفت. دی ان آی ژنومی استخراج شده از نمونه­های گیاهی با این آغازگرها تکثیر و محصولات حاصل با استفاده از ژل پلی اکریل آمید واسرشته ساز الکتروفورز شدند. در هفت توده مکان­های ژنی سه یا چهار باندی مشاهده شد و احتمال می­رود که این توده­ها پلی­پلوئید باشند. تعداد کل 98 آلل با متوسط 9/4 آلل به ازا هر ترکیب آغازگری شناسایی شدند. فواصل ژنتیکی میان ژنوتیپ­ها از صفر تا 76/0 متغیر بود. میانگین فاصله ژنتیکی (بر حسب ضریب تشابه نی) در میان ژنوتیپ ها 219/0 بود. میانگین محتوای اطلاعات چندشکلی برای مکان­های ژنی تکثیر شده 542/0 بود. بیش­ترین میزان محتوای اطلاعات چند شکلی مربوط به CMCT134b و معادل 7716/0 بود، مکان­های ژنی CMTC168، CMBR43 و CMAT141 بیش­ترین مقدار PIC (محتوای اطلاعات چند­شکلی) را به­خود اختصاص داده بودند از مکان­های ژنی با میزان PIC بالا می­توان برای بررسی­های بعدی استفاده کرد. روابط ژنتیکی بین توده­های مورد ارزیابی با استفاده از تجزیه خوشه­ای به­روش UPGMA بر اساس ماتریس ضرایب تشابه مورد بررسی قرار گرفت. آنالیز خوشه­بندی، توده­ها را به 11 گروه عمده تقسیم کرد. در دندروگرام تنوع ژنتیکی طالبی­های ایرانی در گروه­هایی متفاوت از رقم­های خارجی، خصوصاً فرانسوی قرار گرفتند که تایید کننده تفاوت زیاد طالبی­های ایران با آن­ها می­باشد. بیش­ترین تفاوت بین ژنوتیپ­های محلی داراب و آمریکایی و برابر 76 درصد بود. رابطه قابل توجهی بین تنوع ژنتیکی و جغرافیایی مشاهده نشد، با این­حال در داخل خوشه­ها (گروه­ها) و به­خصوص درگروه 2 در این زمینه ارتباطاتی دیده شد. توده­های تتراپلوئید احتمالی عمدتاً در گروه اول قرار گرفتند. نمودار دو بعدی (تجزیه به مولفه­های اصلی) تطابق خوبی با دندروگرام تنوع ژنتیکی داشت.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

Genetic Diversity Among Iranian Cantaloupe Landraces (Cucumis melo L.) Using Microsatellite Markers

نویسندگان [English]

  • Azam Moaiedi nejad 1
  • Ahmad Ershadi 2
  • Jahangir Abas kohpaigani 3
  • Farshad Dashti 2
1 Former M.Sc student, Department of Biotechnology, Faculty of Agriculture, Bu-Ali Sina University, Hamedan
2 Assistant professor, Department of Horticultural Science, Faculty of Agriculture, Bu-Ali Sina University, Hamedan
3 Assistant professor, Seed and Plant Improvement Institute, Karaj
چکیده [English]

The genetic diversity among 43 accessions of melon (C.melo L.), 41 from Cantaloupensis group alongside two from Indorus group, was assessed by variation at simple sequence repeats marker bands using 18 pair primers. The extracted genomic DNA was amplified with 12 pair primers and PCR products were separated on a DNA sequencing gels. A total of 98 alleles were identified with an average of 4.90 alleles per primer combination. Genetic distances among the accessions ranged from 0.0 for the most similar to 0.76 for the most-diverged ones. The mean GD (Nei's coefficient) among accessions was 0.219. The average of polymorphic information contents (PIC) for the 12 melon SSR markers was 0.542. CMCT134b, CMTC168, CMBR43 and CMAT141 loci had respectively the highest PICs, which could be used for further analysis. Genetic relationships among accessions were represented by a dendrogram based on similarity coefficient matrix with UPGMA method. Cluster analysis classified the accessions into 11 major groups. Cluster analysis indicated wide range of diversity across the Iranian and foreign accessions. The most distance was detected between Mahali e Darab and Amrikaie (76%). In general, poor relation was found between geographical and genetic diversity, whereas some relations was observed in cluster 2. The tetraploid accessions were mainly placed in the group 1. Principle component analysis had a very good co-ordination with dendrogram of genetic diversity. These results suggest that the SSR markers are valuable tools for identification and diversity analysis in cantaloupensis.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Melon
  • Molecular markers
  • Genetic diversity
  • Microsatellites
  • Primer