استفاده از نشانگر مولکولی rep-PCR در بررسی تنوع ژنتیکی باکتری Ralstonia solanacearum مولد پژمردگی باکتریایی سیب‌زمینی در استان کرمان

نوع مقاله: علمی - پژوهشی

نویسنده

مربی، گروه آموزشی گیاه‌پزشکی، دانشکده کشاورزی، مجتمع آموزش عالی سراوان، سیستان و بلوچستان

چکیده

باکتری Ralstonia solanacearum قادر است بالغ DNA بر 30 خانواده مختلف گیاهی اعم از گیاهان زراعی و وحشی شامل سیب‌زمینی، توتون، گوجه‌فرنگی، بادنجان و بادام زمینی را آلوده نماید. یکی از بیماری­های مهم سیب‌زمینی پژمردگی باکتریایی می‌باشد که در اثر باکتری Ralstonia solanacearum به‌وجود می­آید. با استفاده از محیط‌کشت TTC از ساقه‌های پژمرده ارقام مختلف سیب‌زمینی جمع‌آوری شده از مناطق عمده سیب‌زمینی‌کاری استان کرمان شامل جیرفت، ساردوئیه، لاله‌زار و صوغان تعدادی استرین از باکتری Ralstonia solanacearum جداسازی، سپس این استرین‌ها با استفاده از آزمون‌های بیوشیمیای تعیین بیووار و بیماری‌زایی آنها بر روی گوجه‌فرنگی رقم Red Cloud ثابت شد. پس از آن با استفاده از آغازگرهای BOX، ERIC و REP تنوع ژنتیکی استرین‌ها با روش واکنش‌های زنجیره‌ای پلی‌مراز بررسی گردید. براساس درخت فیلوژنتیکی ترسیم شده با نرم‌افزار NTSYSpc2.0، استرین‌ها در دو گروه ژنتیکـی قرار گرفتند که در بیـن استـرین‌های هر گـروه نیز تنوع مشـاهده شد. به احتمال زیاد وجود تنوع ژنتیکی باکتـری R. solanacearum در مناطق سیب‌زمینی‌کاری استان کرمان ناشی از ورود غده‌های بذری آلوده از سایر منابع آلوده به این استان است.

کلیدواژه‌ها

موضوعات


عنوان مقاله [English]

Genetic Diversity of Ralstonia solanacearum Infecting Potato in Kerman Province Using rep-PCR Analysis

نویسنده [English]

  • Hossein Moradi
Instructor, Department of Plant Protection, Higher Educational Complex of Saravan, Sistan and Baluchestan
چکیده [English]

Ralstonia solanacearum affects more than 30 plant families, including crops and wild species. Highly susceptiblecrops are potato, tobacco, tomato, eggplant and peanut. Bacterial wilt, caused by Ralstonia solanacearum, is one of the most important diseases of potato (Solanum tuberosum) in world. Strains of Ralstonia solanacearum were isolated from the wilted stems of potato cultivars from the major poato-growing areas, Jiroft, Sardueyeh and Soghan in Kerman province, using TTC medium. The strains were differentiated into biovars using biochemical tests and their pathogenicity was confirmed on tomato Cv. Red Cloud. Possible genetic diversity of R. solanacearum strains recovered from different areas was evaluated by rep-PCR, using REP, ERIC and BOX primers. A phylogenetic tree generated by NTSYS-pc2.0 software placed the strains into two major clusters, with some variations within each cluster. The genetic diversity of R. solanacearum strains infecting potato in Kerman province has probably arisen from the importation of latently infected seed tubers.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Bacterial wilt of potato
  • rep-PCR
  • Genetic diversity
  • Ralstonia solanacearum

Dianese, J. C. and Dristig, M. C. G. 1994. Strain characterization of Pseudomonas solanacearum based on membrane protein patterns, p. 113-121. InHayward, A. C. and Hartman, G. L. (ed.), Bacterial wilt, the disease and itscausative agent, Pseudomonas solanacearum. CAB International, Wallingford,United Kingdom.

Gomes, L. H., Duarte, K. M. R., Andrino, F. G. and Tavares, F. C. A. 2000. A simple method for DNA isolation from Xanthomonas spp. Science Agriculture, 57: 553-555.

Hayward, A. C. 2000. Ralstonia solanacearum. In: Encyclopedia of Microbiology (Ed. by Lederberg, J.), Vol. 4. San Diego: Academic Press, 32-42.

He, L. Y., Sequeira, L. and Kelman, A. 1983. Characteristics of strains of Pseudomonas solanacearum from China. Plant Disease, 67: 1357-1361.

Horita, M. and Tsuchiya, K. 2001. Genetic diversity of Japanese strains of Ralstonia solanacearum. Phytopathology, 91: 399-407.

Horita, M., Tsuchiya, K. and Ooshiro, A. 2005. Characterstics of Ralstonia solanacearum biovar N2 strains in Asia. Journal Phtopathology, 153: 209-213.

Janse, J. D. 1991. Infra and intraspecific classification of Pseudomonas solanacearum strains using whole cell fatty acid analysis. Systematic Applied Microbiology,14: 335-345.

Janse, J. D. 1996. Potato brown rot in Western Europe-history, present occurrence and some remarks on possible origin, epidemiology and control strategies. Bulletin OEPP/EPPO Bulletin, 26: 679-695.

Kumar, Y., Sarma, R. and Anandaraj, M. 2004. Evaluation of genetic diversity of Ralstonia solanacearum causing bacterial wilt of ginger using REP-PCR and PCR- RFLP. Current Science, 87: 1555-1561.

Lupski, J. R. and Weinstock, G. M. 1992. Short, interspersed repetitive DNA sequences in prokaryotic genomes. Journal Bacteriology, 174: 4525-4529.

Van der Wolf, J. M., Bonants, P. J. M., Smith, J. J., Hagenaar, M., Nijhuis, E., Van Beckhoven, J. R. C. M., Saddler, G. S., Trigalet, A. and Feuillade, R. 1998. Genetic diversity of Ralstonia solanacearum race 3 in Western Europe determined by AFLP, RCPFGE and Rep-PCR. In Bacterial Wilt Disease: Molecular and Ecological Aspects, pp. 44-49. Edited by Prior, P., Allen, C. and Elphinstone, J. Paris: INRA Editions.