بررسی کمی و کیفی DNA بلدرچین، استخراج شده با روش نمکی تغییر یافته و توالی¬یابی ژنومی آن

نوع مقاله: مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 استادیار گروه علوم دامی دانشکده کشاورزی دانشگاه بوعلی سینا، همدان

2 استادیار گروه علوم دامی پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران

3 استاد گروه علوم دامی پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران

4 دانشیار گروه علوم دامی پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران

5 استاد گروه ژنتیک و بیوتکنولوژی، دانشکده علوم و کشاورزی، دانشگاه آرهوس، دانمارک

چکیده

استخراج DNA به­صورت خالص، پایدار و با کمیت و کیفیت مناسب، گام مهمی در اجرای پژوهش­های بیولوژیکی می­باشد. در این پژوهش، DNA مربوط به نمونه خون 600 بلدرچین ژاپنی با روش نمکی تغییر یافته با پودر رختشویی و بدون استفاده از آنزیم پروتئیناز K استخراج شد. نمونه­های DNA به­دست آمده در مراحل آماده­سازی کتابخانه ژنومی، با نانودراپ، فلئورومتر، بیوآنالیزر، الکتروفورز، PCR، هضم با آنزیم­های آندونوکلئاز، اتصال برچسب و آدابتور و در نهایت با توالی­یابی کل ژنوم کنترل کمی و کیفی گردید. متوسط مقدار DNA استخراج شده با متوسط میزان نسبت جذب نور در 260 به 280 نانومتر برای هر نمونه­ به­ترتیب 138 میکروگرم و 87/1 بود. فرآیندهای تکثیر، هضم، اتصال برچسب و آدابتور و توالی­یابی ژنومی همه نمونه­های DNA مورد استفاده با موفقیت کامل همراه بود. بر اساس نتایج مشخص شد که نمونه­های مذکور از کمیت، کیفیت، قابلیت و پایداری لازم و حداقل آلودگی برخوردار بودند. این روش استخراج DNA به سادگی، سریع، ایمن و با حداقل هزینه انجام پذیرفت.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

Quantity and Quality Checking of Quail DNA Extracted by Modified Salting out Method and Genomic Sequencing

نویسندگان [English]

  • Ahmad Ahmadi 1
  • Hassan Mehrabani-Yeganeh 2
  • SeyedReza Miraei-Ashtiani 3
  • Ardeshir Nejati-Javaremi 4
  • Abbas Pakdel 4
  • Christine Bendixen 5
1 Graduated of Animal Science Department, Tehran University, Karaj, Iran. And Assistant Professor of Animal Science Department, Bu-Ali Sina University, Hamedan, Iran
2 Assistant Professor, Department of Animal Science, Tehran University, Karaj, Iran
3 Professor, Department of Animal Science, Tehran University, Karaj, Iran
4 Associate Professor, Department of Animal Science, Tehran University, Karaj, Iran
5 Professor, Department of Genetics and Biotechnology, Faculty of Agricultural Science, Aarhus University, Tjele, Denmark
چکیده [English]

Pure, sensitive and high quantity and quality extracted DNA is very important in biological research. In this research, the whole blood samples of 600 quails (Quturnix japonica) were used to extract genomic DNA by modified salting out method (with washing powder and without Proteinase K enzyme). Quantity and quality of extracted DNA samples were assayed by Nanodrop, Fluorometer, Bioanalyzer, electrophoresis on gel, digestion with endonuclease enzymes, PCR, barcode and adapter ligation in library making processing and genome sequencing at the end. The averages of extracted DNA per sample and 260/280 OD ratio were 138µg and 1.87 respectively. All of the used DNA samples were successful in amplification, digestion, barcode and adapter ligation and genomic sequencing processes. The results showed that DNA samples were high quantity and quality, sensitive, stable and minimum contamination. In conclusion, DNA extraction by using this method is fast, safe, low cost and simply practical in any lab.

کلیدواژه‌ها [English]

  • DNA Assay
  • Washing Powder and Multiplex Sequencing