بررسی تنوع ژنتیکی و روابط فیلوژنتیکی چند ژنوتیپ بومی و غیربومی لوفا با استفاده از نشانگر مولکولی rbcL

نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 دانشجوی کارشناسی‌ارشد، گروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل، زابل، ایران

2 استادیار، گروه گیاه‌پزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زابل، زابل، ایران

3 دانشیار، گروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان، گرگان، ایران

4 استادیار، پژوهشکده بیوتکنولوژی، دانشگاه ساری، ساری، ایران

چکیده

در این تحقیق تنوع ژنتیکی نه ژنوتیپ مختلف بومی و غیربومی لوفا با نام علمی Luffa cylindrical از طریق ارزیابی توالی ‌ژن کلروپلاستی rbcL موردبررسی قرار گرفت. پس از استخراج DNA و PCR با استفاده از پرایمرهای اختصاصی ژن rbcL، محصولات تکثیر شده توالی‌یابی شد و هم‌ردیف‌سازی شده و دندروگرام روابط فیلوژنیک ترسیم شدند. از مجموع 703 جایگاه شناسایی شده در این تحقیق، 179 جایگاه دارای حذف و اضافه (177 مونومورف و 2 پلی‌مورف) و 524 جایگاه بدون حذف و اضافه بودند. هم‌چنین مقدار متوسط عددی نسبت dN/dS حدوداً برابر با یک بود. در مجموع نتایج این تحقیق نشان داد بر اساس دندروگرام حاصل از تجزیه کلاستر و بررسی فواصل ژنتیکی نه تنها با کمک مارکر rbcL تنوع درون گونه‌ای این گونه گیاهی به‌خوبی قابل ارزیابیست بلکه این ژنوتیپ‌ها را می‌توان بر اساس منطقه جغرافیایی نیز تا حدودی طبقه‌بندی کرد.

کلیدواژه‌ها

موضوعات

عنوان مقاله [English]

Analysis of Genetic Variation and Phylogenetic Relations of Some Indigenous and Non-Indigenous Luffa Genotypes Using Rbcl Molecular Marker

نویسندگان [English]

  • Halimeh Arbabi 1
  • Mojtaba Keykhasaber 2
  • Leila Fahmideh 3
  • Valiollah Ghasemiomran 4
1 MSc Student, Department of Plant Breeding and Biotechnology, Faculty of Agriculture, University of Zabol, Zabol, Iran
2 Assistant Professor, Department of Plant Protection, Faculty of Agriculture, University of Zabol, Zabol, Iran
3 Associate Professor, Department of Plant Breeding and Biotechnology, Gorgan University of Agricultural Sciences and Natural Resources, Gorgan, Iran
4 Assistant Professor, Biotechnology Resources, University of Sari , Sari, Iran
چکیده [English]

In this study, the genetic diversity of nine different indigenous and non-indigenous luffa cultivars with the scientific name Luffa cylindrical was evaluated by analyzing the sequence of chloroplast rbcL gene. After DNA extraction and PCR using rbcL gene-specific primers, the amplified products were sequenced and aligned, and the dendrograms of phylogenetic relationships were plotted. Of the 703 sites identified in the study, 179 sites had deletions and additions (177 monomorphs and 2 polymorphs) and 524 sites without deletions and additions. Also, the average numerical value of the dN/dS ratio was approximately one. Overall, the results of this study showed that according to the dendrogram obtained from cluster analysis, and genetic distances, not only with the help of rbcL marker, the diversity within species of this plant species can be well evaluated, but these genotypes can be to some extent classified based on geographical area. It is suggested that the diversity of these genotypes be examined by other DNA barcodes and compared with the results of the present study.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Genetic diversity within species
  • DNA Barcoding
  • Chloroplastic markers
دوفصلنامه فن آوری زیستی در کشاورزی(علمی-پژوهشی)
دوره 11، شماره 1
شهریور 1399
صفحه 23-31

فایل ها

هم رسانی

ارجاع به این مقاله

آمار