ارزیابی و خصوصیات ژنتیکی شتر دوکوهانه ایران با استفاده از آغازگرهای ریزماهواره شترسانان دنیای جدید

نوع مقاله: علمی - پژوهشی

نویسندگان

1 دانش آموخته کارشناسی ارشد علوم دامی- ژنتیک و اصلاح نژاد، دانشکده علوم کشاورزی دانشگاه گیلان، رشت

2 استادیار بخش ژنتیک و اصلاح نژاد مؤسسه تحقیقات علوم دامی کشور، کرج

3 استاد گروه علوم دامی، دانشکده علوم کشاورزی، دانشگاه گیلان، رشت

4 محقق بخش بیوتکنولوژی مؤسسه تحقیقات علوم دامی کشور، کرج

5 محقق گروه پژوهشی کرم ابریشم دانشکده علوم کشاورزی دانشگاه گیلان، رشت

چکیده

شتر یکی از منابع مهمتأمین شیر، گوشت، الیاف، وسیله تفریح و سرگرمی و به­عنوان سرمایه در بعضی از نقاط کشور است. در این تحقیق ساختار ژنتیکی شترهای دوکوهانه ایران مستند شده و همچنین تنوع ژنتیکی این جمعیت ارزیابی می­شود. با استفاده از 85 نفر شتر، 9 جفت نشانگر ریزماهواره CVRL07، CVRL01، CVRL05، CMS9، CMS15، VOLP10، LCA66، YWLL38 و YWLL59 برای ارزیابی چندشکلی در این جمعیت آنالیز شدند. DNA ژنومی شترها با روش نمکی بهینه یافته استخراج شد و تکثیر جایگاه­های ریزماهواره DNA از طریق واکنش زنجیره­ای پلیمراز (PCR) با موفقیت انجام شد و فرآورده­های حاصل روی ژل پلی­آکریل­آمید 8% غیرواسرشته­ساز الکتروفورز شدند. در مجموع 31 آلل مشاهده شد و تمامی جایگاه­ها به­غیر از CMS15 چندشکلی نشان دادند. همچنین نسبت چندشکلی (P) جایگاه­های ریزماهواره تحقیق حاضر در جمعیت شتر دوکوهانه ایرانی، 89/88 % محاسبه و میانگین تعداد آلل­ها و محتوای اطلاعات چندشکلی (PIC) به­ترتیب 4444/3 و 4726/0 به­دست آمد. تمامی جایگاه­ها از تعادل هاردی- واینبرگ انحراف نشان دادند (P<0.005). میانگین هتروزیگوسیتی موردانتظار  بدون احتساب جایگاه تک­شکل 5242/0 و در محدوده­ی 3869/0 تا 7665/0 محاسبه شد. براساس نتایج شاخص ثبات جمعیت حاضر از افت هتروزیگوتی (همخونی) برخوردار است که بیانگر اهمیت رسیدگی به برنامه­های حفاظتی در جمعیت شتر دوکوهــانه ایران است. درخت فیلوژنی این جمعیت که براســاس روش جفت­گروهی غیروزنی از طریق میانگین حسابی (UPGMA) نشان داد که ارتباطات بین زیرگروه­ها آن­چنان زیاد است که نشانگر روابط خویشاوندی بسیار نزدیک بین شترهای دوکوهانه ایرانی است. از طرف دیگر تعداد نمونه­های بسیار کمی پیدا می­شوند که به­صورت جداگانه و بدون روابط خویشاوندی با سایر گروه­ها وجود دادرند که می­توان این افراد را شناسایی کرد و برای تلاقی­گری با گروه­های همخون استفاده نمود تا از اثرات همخونی در جمعیت موجود کاسته شود. نتایج نشان داد که نشانگرهای ریزماهواره­ مورد استفاده در شترهای دنیای جدید در شترهای دوکوهانه ایران قابل­تکثیر بوده و این جمعیت هنوز از تنوع ژنتیکی قابل­قبولی برخــوردار است و می­توان با برنامه­های صحیح مدیرتی و اصلاح نژادی از انقراض این ذخیره ژنتیکی با ارزش در کشور جلوگیری کرد. 

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

Assessment and Genetic Characterization of Iranian Two-Humped Camel Using New World Camelidae Microsatellite Primers

نویسندگان [English]

  • reza talebi 1
  • fazal allah afraz 2
  • s. zeyaaldin mirhosseini 3
  • nematallah asadi 4
  • s. benyamin delirsefat 5
چکیده [English]

In Iran camels are providers of milk, meat, fibers, sports and capital. This work was carried out to  document the structure and assess the genetic diversity within Iranian two-humped camels (Camelus bactrianus). Using of 85 reproductive individuals belonging to four sampling locations of bactrian camels in Ardabil province,  Nine microsatellite markers (CVRL07, CVRL01, CVRL05, CMS9, CMS15, VOLP10, LCA66, YWLL38 and YWLL59) were analyzed to assess polymorphism in this population. DNA extraction was conducted with optimized and modified salting-out method. The polymerase chain reactions (PCR) for 85 individuals were successfully done with all primers and then amplification products were resolved on 8% SDS PAGE and stained with silver nitrate. Eight of these markers were polymorphic, producing a total of 31 alleles. Significant deviations from Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) occurred for all loci (P<0.005). Polymorphism ratio (P) for nine microsatellite primers in this study calculated 88.89%. Average allelic and polymorphism information content (PIC) for all loci estimated 3.4444 and 0.4726, respectively. The average expected heterozygosity excluding monomorph locus calculated 0.5242 and ranged 0.3869 to 0.7665. A phylogenetic analysis showed that Iranian bactrian camels can be divided into two main groups including many subgroups with some remote individuals. Hence the Iranian two-humped camels population have acceptable genetic diversity yet and can preserve of this valuable genetic resources from extinct with a proper management and breeding programs in Iran.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Iranian two humped camel
  • Microsatellite markers
  • Genetic structure and diversity